今天是生信学习的第三天，学习了如何在Linux环境下安装软件。
Linux单纯作为一个系统是无法开展工作的，这就需要在系统上安装合适的软件程序。我们在使用Windows系统时，常常使用软件管家来安装自己需要的软件，那么Linux系统也肯定存在对应的应用商店。
conda就是Linux系统常用的“电脑管家”，但是由于conda管理的领域比较广泛，我们学习的生信只是其中的一个小领域，直接用conda管理就显得有点大材小用了。因此，我们使用与生信对应的miniconda来管理生信软件，会更加方便，而且在一定程度上也节省了计算机资源。安装号miniconda后我们就可以根据自己的需求来下载软件了。
1. 在Linux环境下下载miniconda
1.1 打开清华镜像，找到miniconda的最新版本(按自己需求)的安装包，然后复制下载链接。
1.2 登入服务器，使用wget+复制的链接下载安装包到指定目录下。
bio38@VM-0-10-ubuntu:~$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
--2020-03-04 16:38:03-- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
Resolving mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)... 101.6.8.193, 2402:f000:1:408:8100::1
Connecting to mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)|101.6.8.193|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 71785000 (68M) [application/octet-stream]
Saving to: ‘Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh’
Miniconda3-latest- 16%[=> ] 10.96M 1.64MB/s eta 35s
1.2 使用bash+安装包名称安装程序
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
然后一路enter，遇到yes/no就输入yes，直到成功安装（由于putty闪退，未及时截图，安装成功后会提示Think you for install miniconda3的信息）
1.3 激活conda
输入source ~/.bashrc 激活conda后，如果在用户名前面出现（base）就表明激活成功，接下来就可以安装自己需要的软件了。
1.4 添加镜像
使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
----来自生信星球
添加镜像是为了方便大家更快速的下载东西，因为有些软件来自国外网站，国内难以访问，有了镜像，就相当于在镜像中备份了软件，那么从镜像中下载就会更方便，快速。
2. 用miniconda安装生信软件（如对比序列的软件blast）
(base) bio38@VM-0-10-ubuntu:~$ conda search blast
Loading channels: done
# Name Version Build Channel
blast 2.2.31 1 anaconda/cloud/bioconda
blast 2.2.31 boost1.60_2 anaconda/cloud/bioconda
blast 2.2.31 pl526h3066fca_3 anaconda/cloud/bioconda
blast 2.5.0 boost1.60_1 anaconda/cloud/bioconda
blast 2.5.0 boost1.64_2 anaconda/cloud/bioconda
blast 2.5.0 h3727419_3 anaconda/cloud/bioconda
blast 2.5.0 hc0b0e79_3 anaconda/cloud/bioconda
blast 2.6.0 boost1.60_0 anaconda/cloud/bioconda
blast 2.6.0 boost1.61_0 anaconda/cloud/bioconda
blast 2.6.0 boost1.61_1 anaconda/cloud/bioconda
blast 2.6.0 boost1.64_2 anaconda/cloud/bioconda
blast 2.7.1 boost1.64_1 anaconda/cloud/bioconda
blast 2.7.1 boost1.64_2 anaconda/cloud/bioconda
blast 2.7.1 boost1.64_3 anaconda/cloud/bioconda
blast 2.7.1 h4422958_6 anaconda/cloud/bioconda
blast 2.7.1 h96bfa4b_5 anaconda/cloud/bioconda
blast 2.9.0 h20b68b9_0 anaconda/cloud/bioconda
blast 2.9.0 h20b68b9_1 anaconda/cloud/bioconda
blast 2.9.0 pl526h3066fca_4 anaconda/cloud/bioconda
blast 2.9.0 pl526h979a64d_2 anaconda/cloud/bioconda
blast 2.9.0 pl526h979a64d_3 anaconda/cloud/bioconda
(base) bio38@VM-0-10-ubuntu:~$ conda install blast
首先输入conda search blast检索blast的版本情况，若有就conda install blast -y安装程序，-y表明自动安装。
当出现上图情况就表明成功安装。
如果要卸载软件，运行指令conda remove 软件名 -y 就自动卸载了。
今天主要就学习了如何在Linux环境下安装软件，至于还有一些有关环境的只是暂时还未吃透，就不做介绍了。谢谢！
