读取 CSV 文件

file_path <- "merged_SV_data_27.csv"

构建输出文件名

output_file <- sub("\.csv$", "_replaced.csv", file_path)

#!/usr/bin/env Rscript
setwd("D:\\科研助理工作\\data\\6月\\6-30\\tj_gene\\tj1\\test")
# 设置工作目录（根据实际情况修改）
# 读取 CSV 文件
file_path <- "merged_SV_data_27.csv"
tryCatch({
  data <- read.csv(file_path, header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE)
  cat("成功读取文件：", file_path, "\n")
  
  # 确认数据的基本信息
  cat("数据基本信息：\n")
  print(str(data))
  
  # 提取第二列作为替换值
  replace_values <- data[, 2]
  
  # 对第四列及以后的列进行处理
  for (col in 4:ncol(data)) {
    # 替换数值为1或2的单元格为第二列对应行的值
    data[, col][data[, col] %in% c(1, 2)] <- replace_values[data[, col] %in% c(1, 2)]
  }
  
  # 构建输出文件名
  output_file <- sub("\\.csv$", "_replaced.csv", file_path)
  
  # 保存处理后的数据
  write.csv(data, output_file, row.names = FALSE)
  cat("处理完成，结果已保存至：", output_file, "\n")
  
}, error = function(e) {
  cat("处理过程中发生错误：", conditionMessage(e), "\n")
})