LIANA+ 是一个可扩展的框架，能够根据需要对现有方法和知识进行调整和拓展，以研究单细胞、空间分辨率以及多模态组学数据中的细胞间通讯。它是 scverse 生态系统的一部分，并依赖于 AnnData 和 MuData 对象作为输入。
LIANA+作为升级版，程序语言由原先的R变成python，可以无缝衔接scanpy。分析能力也有原先的单细胞数据扩展到空间转录及多模态数据。
内置8种以往文献报道的细胞通讯分析方法，可分别独立用于分析数据，以及17种细胞通讯数据库。其中，rank_aggregate作为LIANA+特有的方法，能同时整合多种方法的结果，给出一个综合性打分评估细胞通讯的强度和特异性。
import liana as li
li.mt.show_methods()
Method Name Magnitude Score Specificity Score Reference
0 CellPhoneDB lr_means cellphone_pvals Efremova, M., Vento-Tormo, M., Teichmann, S.A....
0 Connectome expr_prod scaled_weight Raredon, M.S.B., Yang, J., Garritano, J., Wang...
0 log2FC None lr_logfc Dimitrov, D., Türei, D., Garrido-Rodriguez, M....
0 NATMI expr_prod spec_weight Hou, R., Denisenko, E., Ong, H.T., Ramilowski,...
0 SingleCellSignalR lrscore None Cabello-Aguilar, S., Alame, M., Kon-Sun-Tack, ...
0 Rank_Aggregate magnitude_rank specificity_rank Dimitrov, D., Türei, D., Garrido-Rodriguez, M....
0 Geometric Mean lr_gmeans gmean_pvals CellPhoneDBv2's permutation approach applied t...
0 scSeqComm inter_score None Baruzzo, G., Cesaro, G., Di Camillo, B. 2022. ...
0 CellChat lr_probs cellchat_pvals Jin, S., Guerrero-Juarez, C.F., Zhang, L., Cha...
li.resource.show_resources()
['baccin2019',
'cellcall',
'cellchatdb',
'cellinker',
'cellphonedb',
'celltalkdb',
'connectomedb2020',
'consensus',
'embrace',
'guide2pharma',
'hpmr',
'icellnet',
'italk',
'kirouac2010',
'lrdb',
'mouseconsensus',
'ramilowski2015']
可能有些同学还是喜欢基于R生态系统的Seurat来分析数据，那么，LIANA就是一个不错的选择。LIANA能够运行任意组合的7种方法，以及它们的综合结果，并且最新版内置了18种细胞通讯数据库资源！
library(liana)
show_methods()
[1] "connectome" "logfc" "natmi" "sca"
[5] "cellphonedb" "cytotalk" "call_squidpy" "call_cellchat"
[9] "call_connectome" "call_sca" "call_italk" "call_natmi"
show_resources()
[1] "Default" "Consensus" "Baccin2019" "CellCall"
[5] "CellChatDB" "Cellinker" "CellPhoneDB" "CellTalkDB"
[9] "connectomeDB2020" "EMBRACE" "Guide2Pharma" "HPMR"
[13] "ICELLNET" "iTALK" "Kirouac2010" "LRdb"
[17] "Ramilowski2015" "OmniPath" "MouseConsensus"
LIANA+/LIANA作为细胞通讯的分析框架，具有很高的灵活性，使用起来也是相当的便捷，是一个不可多得的选择，详细的分析过程见文档：
