【grep】笔记

1) 匹配chr1 而不是chr10

如果有文件 Chrs.txt,内容是:

$ cat Chrs.txt
chr1
chr2
chr3
chr4
chr5
chr6
chr7
chr8
chr9
chr10

如果要匹配 chr1,按之前的做法:

$ grep "chr1" Chrs.txt
chr1
chr10

显然,chr10 也含有 chr1,不是我们期望得到的,但可以这样做: "chr1>" "chr1\b"

$ grep "chr1\>" Chrs.txt
chr1
$ grep "chr1\b" Chrs.txt
chr1
$ grep -w "chr1" Chrs.txt
chr1
grep(global search regular expression(RE) and print out the line

全面搜索正则表达式并把行打印出来)是一种强大的文本搜索工具,它能使用正则表达式搜索文本,并把匹配的行打印出来。

选项:
-a  不要忽略二进制数据。
-A <显示列数> 除了显示符合范本样式的那一行之外,并显示该行之后的内容。
-b 在显示符合范本样式的那一行之外,并显示该行之前的内容。
-c 计算符合范本样式的列数。
-C <显示列数>或-<显示列数>  除了显示符合范本样式的那一列之外,并显示该列之前后的内容。
-d <进行动作> 当指定要查找的是目录而非文件时,必须使用这项参数,否则grep命令将回报信息并停止动作。
-e <范本样式> 指定字符串作为查找文件内容的范本样式。
-E 将范本样式为延伸的普通表示法来使用,意味着使用能使用扩展正则表达式。
-f <范本文件>* 指定范本文件,其内容有一个或多个范本样式,让grep查找符合范本条件的文件内容,格式为每一列的范本样式。
-F 将范本样式视为固定字符串的列表。
-G 将范本样式视为普通的表示法来使用。
-h 在显示符合范本样式的那一列之前,不标示该列所属的文件名称。
-H 在显示符合范本样式的那一列之前,标示该列的文件名称。
-i 忽略字符大小写的差别。
-l 列出文件内容符合指定的范本样式的文件名称。
-L 列出文件内容不符合指定的范本样式的文件名称。
-n 在显示符合范本样式的那一列之前,标示出该列的编号。
-q 不显示任何信息。
-R/-r 此参数的效果和指定“-d recurse”参数相同。
-s 不显示错误信息。
-v 反转查找。
-w 只显示全字符合的列。
-x 只显示全列符合的列。
-y 此参数效果跟“-i”相同。
-o 只输出文件中匹配到的部分。

附:Linux_grep命令大全

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