作者，Evil Genius
今日分享文献
分享之前简单复习一下10X单细胞数据分析CNV的注意事项，大家学习的时候多看看细节。
1、采用的矩阵
2、关键性的参数
3、inferCNV聚类，层次聚类或者leiden方法二选一
好了，看看文献内容
知识积累
胶质母细胞瘤是一种无法治愈的脑部恶性肿瘤。到临床诊断时，这些肿瘤表现出一定程度的遗传和细胞异质性，这为启动和驱动胶质瘤形成的机制提供了很少的线索。
机器学习方法已经确定了GBMs的血管周围轨迹，并表明其起源可能在于神经嵴细胞（NCCs）。
将GBM小鼠模型与系列磁共振成像（MRI）和单细胞谱相结合，从最初阶段开始探索肿瘤的发展。
结果1、肿瘤形成的单细胞图谱（基因工程小鼠模型）
30个样本中捕获了大约100,000个单细胞。
的拷贝数改变（CNAs）的下游分析支持了这些细胞的恶性状态，该分析显示，与成人大脑的正常细胞相比，这些细胞中存在大规模的染色体扩增和缺失。
结果2、肿瘤发生过程中的细胞组成（联合ATAC数据）
肿瘤内的异质性
使用Seurat重新聚集恶性细胞，并用Harmony校正批处理效果。
数据显示，在成人大脑早期胶质瘤形成过程中，大量具有NCC样特征的慢循环细胞，并表明肿瘤的相对细胞组成从最早阶段到症状出现时不断演变。
结果3、进化中的克隆层次
inferCNV
基于CNA图谱将细胞聚类成邻域，并检查每个邻域的细胞组成
使用MEDALT来推断每个样本中单个细胞的系统发育。
这些发现提示了一种肿瘤发生模型，其中恶性NCC样细胞状态作为肿瘤细胞层次结构的一部分存在，随着肿瘤生长而进化。这一层次结构包括增殖和/或分化的PC样细胞的多样性，最终随着肿瘤的扩大超过NC样细胞的数量。
结果4、脑损伤诱导MSC-和NCC-like状态
探索成人脑肿瘤中NCC和MSC-like状态的可能起源和作用。
结果5、神经胶质瘤形成mimics脑损伤
肿瘤的发生是否可能模仿脑损伤反应程序。
研究结果表明，改变PCs正常谱系进展的遗传异常可能导致损伤样反应的异常激活，从而在突变细胞中诱导NCC和/或MSC样状态。
结果6、恶性胶质瘤的空间异质性（10x Genomics Visium）
