学习小组Day3笔记--小水

Linux环境下的软件安装准备工作:

  • 检查有没有bzip2(解压软件)-没有,输入yum install -y bzip2安装

下载miniconda(类似APP store)

搜索miniconda——linux下有64bit/32bit(根据自己服务器来选择)安装python3.6——复制链接——cd biosoft进入biosoft 目录——wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh——下载完成

安装miniconda

  • bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh开始安装——一路Enter,看yes/no输入yes——回车——安装结束输入yes——激活source ~/.bashrc——命令行输入conda,出现满屏的信息说明成功了,出现一行简短的报错说明挂了。
  • 添加镜像---使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

把上面的代码一行一行复制到命令行,粘贴、回车。

开始使用condan

  • 查看当前所有软件列表 conda list
  • 搜索软件conda search fastqc
  • 安装软件 conda install fastqc -y【加上-y是自动安装,你可以试试不加-y有什么区别】
  • 卸载软件 conda remove fastqc -y

conda环境

  • 查看当前conda有哪些环境conda info --envs
  • 建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  • 激活环境conda activate rna-seq输入fastqc开始使用
  • 卸载环境中一个软件conda remove -n rna-seq fastqc -y
    卸载所有软件——conda deactivate退出当前环境——conda remove -n rna-seq --all卸载环境
    day3-2.png
day3-3.png
day3-4.png
day3.png

Day3Linux如何安装软件.png

]

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容