学习小组Day3笔记--小水

Linux环境下的软件安装准备工作：

检查有没有bzip2(解压软件）-没有，输入yum install -y bzip2安装

下载miniconda（类似APP store）

搜索miniconda——linux下有64bit/32bit（根据自己服务器来选择）安装python3.6——复制链接——cd biosoft进入biosoft 目录——wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh——下载完成

安装miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh开始安装——一路Enter，看yes/no输入yes——回车——安装结束输入yes——激活source ~/.bashrc——命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了，出现一行简短的报错说明挂了。
添加镜像---使用清华镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

把上面的代码一行一行复制到命令行，粘贴、回车。

开始使用condan

查看当前所有软件列表 conda list
搜索软件conda search fastqc
安装软件 conda install fastqc -y【加上-y是自动安装，你可以试试不加-y有什么区别】
卸载软件 conda remove fastqc -y

conda环境

查看当前conda有哪些环境conda info --envs
建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成)conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
激活环境conda activate rna-seq输入fastqc开始使用
卸载环境中一个软件conda remove -n rna-seq fastqc -y
卸载所有软件——conda deactivate退出当前环境——conda remove -n rna-seq --all卸载环境

day3-2.png