GFAP---Transcription factor模块

对于一些没有生信基础的同学来说,想要从一堆未知功能的基因中挑选出想要的转录因子,可能还要花费大量的时间成本去学习这个过程。而转录因子又在植物中起着非常重要的作用,因此又不得不常常接触到这一类操作,所以,我想了个办法来给大家解决这个问题。能够解决的根本在于植物中的转录因子其实也就那些类,所以可以根据每一类的特点进行总结。

从这个模块开始,输入的文件不再是先前的比对文件而是蛋白质文件。输入文件后,需要进行一个格式化的过程,也就是①,点击就好,也不需要知道它到底有什么作用,它的使命完成后GFAP会自动删除。格式化完成后,选择一个想要研究的家族,在②的位置,它大致是这样的:


前面是缩写,后面是具体名称。选择完成后,保存命名,之后点击③,就可以完成整个过程。应该不会超过1分钟。视频展示


结果是这样的:


会给你直接将结果展示在输入框中。完成后下面又有一个保存命名,这里:


这个主要是为了提取序列的,设置好了以后,点击④,它就可以将你需要的家族成员的序列从文件中给你提取出来。


这个模块还有另外一个分支,它的主要作用是对你输入文件中所有的转录因子进行一个统计,基本做法同上,点击按钮的时候点击identify这个。结果是这样子的:


当然,如果你只想要统计全体,选择模块的操作是非必须的。同时如果执行的是统计全体,那么提取序列的功能也会失效,它针对的是单个家族。

接下来是针对整体的一个统计作图。功能在这里

在上述操作完成后,你可以什么都不设置(因为包括字体,分辨率什么的,都已经给大家设置好,是不是很贴心~),直接点击按钮即可。出来的是类似这种的:


包括有什么家族,以及家族成员的数量。有图了,就可以和审稿人吹一吹了,告诉他们在你所要研究的这个过程里到底哪些转录因子可能起着重要作用~。虽然洋洋洒洒给同学们写了这么多,事实上,这个过程,不会超过十分钟,视频为证。我在寻求一个高效的生信解决方案,如果同学们觉得还凑合的话,就把它推荐给你的老师和同学们吧~

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