单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》1.概论

前言:

在前面的九讲内容里(在?B站综合排序第一的单细胞课程不来学?)我们已经花了超过两个小时的时间教会大家怎样使用R语言以及完成单细胞测序数据基础分析中的基础操作,而后面的几节课程里我们将带领大家开始全新的篇章——进阶分析教学(已经被大家催麻了)。按照绪论里的顺序,我们就从细胞通讯开始入手。



减少工作量、直接看视频吧,B站同步播出:

单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》1.概论



如果你还没学完基础课程,一定要跟着下面蓝色超链接的顺序走,每篇文章中的超链接要点开看(按顺序掌握自然没有疑问):

保姆级教程,代码部分整理在往期推送之中:

手把手教你做单细胞测序数据分析(一)——绪论

手把手教你做单细胞测序数据分析(二)——各类输入文件读取

手把手教你做单细胞测序数据分析(三)——单样本分析

手把手教你做单细胞测序数据分析(四)——多样本整合

手把手教你做单细胞测序数据分析(五)——细胞类型注释

手把手教你做单细胞测序数据分析(六)——组间差异分析及可视化

手把手教你做单细胞测序数据分析(七)——基因集富集分析

上游fastq文件处理:

单细胞分析的最上游——处理Fastq文件:cellranger

单细胞分析的最上游——处理Fastq文件:dropseqRunner

其他单细胞相关技术贴也在这里:

细胞的数量由誰决定?

单细胞中应该如何做GSVA?

答读者问(三):单细胞测序前景

答读者问(四):如何分析细胞亚群

答读者问(六):Seurat中如何让细胞听你指挥

答读者问(八):为什么Read10X也会报错?

答读者问(十)整合后的表达矩阵,如何拆分出分组信息?

答读者问(十一)如何一次性读取一个目录下的cellranger输出文件?



欢迎关注同名公众号~

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 204,793评论 6 478
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 87,567评论 2 381
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 151,342评论 0 338
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,825评论 1 277
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,814评论 5 368
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,680评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 38,033评论 3 399
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,687评论 0 258
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 42,175评论 1 300
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,668评论 2 321
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,775评论 1 332
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,419评论 4 321
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 39,020评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,978评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,206评论 1 260
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 45,092评论 2 351
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,510评论 2 343

推荐阅读更多精彩内容