文章信息
标题：A Bacterial Genome and Culture Collection of Gut Microbial in Weanling Piglet
译文：仔猪肠道细菌基因组和培养的菌株收集
期刊：Microbiology Spectrum
时间：2022.2.16
单位：广东农科院，深圳BGI
去年参与的项目，今天online在美国微生物协会（ASM）旗下的期刊《Microbiology Spectrum》。我负责菌群结构分析和泛基因组分析（图1和图5），共一排四。
摘要
猪胃肠道中的微生物群对这种生物医学模型的健康非常重要。然而，组成猪肠道微生物群的个体物种和功能组合在很大程度上还不清楚。在此，我们利用基于培养和宏基因组学的方法全面研究了仔猪肠道微生物的基因组和功能。其中包括266个培养基因组和482个宏基因组组装基因组(MAGs)，聚类在10个门的428个物种。在这些聚类的物种中，有333个基因组代表了潜在的新物种。培养基因组与MAGs的匹配较少，表明两种策略在获取参考基因组方面存在显著的偏置。糖苷水解酶是糖活性酶的主要种类。从292个基因组中预测出445个次生代谢生物合成基因，其中细菌素基因最多。对罗伊氏乳杆菌的全基因组分析发现罗伊氏乳杆菌的生物合成具有菌株特异性，并对其产量进行了实验测定。本研究全面了解了断奶仔猪肠道微生物群落组成和功能格局，为下一步的试验提供了宝贵的细菌资源。
哺乳动物胃肠道微生物群落对宿主的健康和疾病有影响。本研究将宏基因组分析与基于培养的方法相结合，建立细菌和基因组集合，全面研究断奶仔猪肠道微生物组组成和功能。本研究为进一步研究断奶仔猪肠道菌群和开发预防疾病的益生菌提供了有价值的资源。
图1：仔猪回肠、结肠、粪便的微生物组成
图2：266分离株和482 MAGs的亲缘关系及与已知物种集的比较
图3：拓展了现有猪肠道微生物基因集
图4：748基因组功能谱分析（碳水化合物代谢、抗生素抗性、次级代谢产物合成）
图5：泛基因组分析8个代表物种的抗性基因和罗伊菌素分布
更多：
Xiao L, Estelle J, Kiilerich P, Ramayo-Caldas Y, et al. 2016. A reference gene catalogue of the pig gut microbiome. Nat Microbiol
