awk -F "\t" 'BEGIN {OFS="\t"}$3=="gene" {print $1,$4,$5,$9}' final_sorted_with_promoter.change.gff3  >final_sorted_with_promoter.change.gene
bedtools intersect -a region.xls -b final_sorted_with_promoter.change.gene -wa -wb | awk -F ";" '{print $1}'> EAR_SR3.gene.name

注意，region.xls和 final_sorted_with_promoter.change.gene文件均为bed格式。
bed格式前3列为必须有的，分别为染色体，起始位置，终止位置。

image.png

由于 region.xls 我在excel表格整理出来的，格式是dos系统的，会报错。因此需要在linux下打开后用set ff=unix改成linux系统的。