封面

一行代码绘制火山图的R包诞生了！在过去的一年中，师兄先后生信绘图系列和高分SCI复现系列中更新了多种不同的火山图的绘制方法，包括普通的火山图、渐变火山图、以及包含GO通路信息的火山图！但是很多小伙伴反应，代码太难，看不懂，套在自己的数据上总是出错！于是这么为粉丝着想的师兄，又肝了一个晚上，将之前的代码整理封装成了现在的R包 -- ggVolcano.

有了它，大家只需要安装载入后，就可以实现一行代码绘制火山图了，而且该包还配备和很多可供调节的参数，方便大家进行个性化设置，如：修改颜色，描边，散点大小等等！

为了方便大家更好的使用，师兄也对这个R包的重要函数和参数做了很清晰的说明！希望大家多多点赞、在看支持！点赞越多，师兄的生产就越快哈！开发更好的工具，帮助大家实现更加精美的可视化效果！

ggVolcano简介

ggVolcano的目标是帮助用户更轻松地制作出漂亮的火山图，该包主要配置了三个函数：

• 普通火山图：ggvolcano
• 渐变色火山图：gradual_volcano
• GO通路火山图：term_volcano

附上师兄的github链接，有兴趣探索学习源码的可以参考：https://github.com/BioSenior/ggVolcano

安装

# install.packages("devtools")
devtools::install_github("BioSenior/ggvolcano")

使用ggvolcano函数制作一张普通的火山图。

基础用法

• 确保你有一个包含差异表达基因信息的DEG结果数据（数据需要包括：GeneName、Log2FC、pValue、FDR）。
• 如果你的数据没有名为 "regulate "的列，你可以使用add_regulate函数来添加，使用方法如下。
• 使用函数ggvolcano来制作一般的火山图。你可以使用?ggvolcano来查看该函数的参数。

library(ggVolcano)

## basic example code
# load the data
data(deg_data)

# use the function -- add_regulate to add a regulate column 
# to the DEG result data. 
data <- add_regulate(deg_data, log2FC_name = "log2FoldChange",
                     fdr_name = "padj",log2FC = 1, fdr = 0.05)

# plot
ggvolcano(data, x = "log2FoldChange", y = "padj",
          label = "row", label_number = 10, output = FALSE)

ggvolcano_1

• 你必须将x和y参数设置为你数据中的相对应的列名。
• 如果你想在这些点上添加标签，请将label参数设置为您数据中相应的列名。此外label_number参数可以调整显示的标签数量。（按照FDR值从小到大排序，选择前label_number个基因）。

修改散点的颜色和描边

# Change the fill and color manually:
p1 <- ggvolcano(data, x = "log2FoldChange", y = "padj",
          fills = c("#e94234","#b4b4d8","#269846"),
          colors = c("#e94234","#b4b4d8","#269846"),
          label = "row", label_number = 10, output = FALSE)

p2 <- ggvolcano(data, x = "log2FoldChange", y = "padj",
          label = "row", label_number = 10, output = FALSE)+
  ggsci::scale_color_aaas()+
  ggsci::scale_fill_aaas()
#> Scale for 'colour' is already present. Adding another scale for 'colour', which
#> will replace the existing scale.
#> Scale for 'fill' is already present. Adding another scale for 'fill', which
#> will replace the existing scale.

library(patchwork)
p1|p2

ggvolcano_2

使用gradual_volcano函数来制作一个渐变色火山图。

基础用法

• 确保你有一个包含差异表达基因信息的DEG结果数据（数据需要包括：GeneName、Log2FC、pValue、FDR）。
• 如果你的数据没有名为 "regulate "的列，你可以使用add_regulate函数来添加，使用方法如下。
• 使用函数gradual_volcano来制作一般的火山图。你可以使用?gradual_volcano来查看该函数的参数。

# plot
gradual_volcano(deg_data, x = "log2FoldChange", y = "padj",
                label = "row", label_number = 10, output = FALSE)

gradual_volcano_1

修改散点的颜色和描边

library(RColorBrewer)

# Change the fill and color manually:
p1 <- gradual_volcano(data, x = "log2FoldChange", y = "padj",
          fills = brewer.pal(5, "RdYlBu"),
          colors = brewer.pal(8, "RdYlBu"),
          label = "row", label_number = 10, output = FALSE)

p2 <- gradual_volcano(data, x = "log2FoldChange", y = "padj",
          label = "row", label_number = 10, output = FALSE)+
  ggsci::scale_color_gsea()+
  ggsci::scale_fill_gsea()
#> Scale for 'colour' is already present. Adding another scale for 'colour', which
#> will replace the existing scale.
#> Scale for 'fill' is already present. Adding another scale for 'fill', which
#> will replace the existing scale.

library(patchwork)
p1|p2

gradual_volcano_2

• 如果你想调整点的大小范围，你可以使用pointSizeRange = c(min_size, max_size)。其中min_size, max_size代表散点的最小尺寸和最大尺寸。

使用term_volcano函数来绘制GO通路相关火山图。

基本用法

• 确保你有一个包含差异表达基因信息的DEG结果数据（数据需要包括：GeneName、Log2FC、pValue、FDR）。
• 除了DEG结果数据，你还需要一个术语数据，这是一个包含一些基因的GO术语信息的两列数据框。
• 如果你的数据没有名为 "regulate "的列，你可以使用add_regulate函数来添加，使用方法如下。
• 使用函数term_Volcano来制作GO通路相关火山图。你可以使用?term_Volcano来查看该函数的参数。

data("term_data")

# plot
term_volcano(deg_data, term_data,
             x = "log2FoldChange", y = "padj",
             label = "row", label_number = 10, output = FALSE)

term_volcano_1

修改散点颜色和描边

library(RColorBrewer)

# Change the fill and color manually:
deg_point_fill <- brewer.pal(5, "RdYlBu")
names(deg_point_fill) <- unique(term_data$term)

term_volcano(data, term_data,
             x = "log2FoldChange", y = "padj",
             normal_point_color = "#75aadb",
             deg_point_fill = deg_point_fill,
             deg_point_color = "grey",
             legend_background_fill = "#deeffc",
             label = "row", label_number = 10, output = FALSE)

term_volcano_2

以上就是本期的全部内容啦！欢迎点赞，点在看！师兄会尽快更新哦！制作不易，你的打赏将成为师兄继续更新的十足动力！

最后再附上师兄的github链接，有兴趣探索学习源码的可以参考：https://github.com/BioSenior/ggGantt

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