非正式组织也有许多缺点，如果管理者不加以良好的引导，很有可能影响整个公司员工的工作效率。其缺点如下:
1.反对改变。非正式组织成员往往会为了保持现状而不愿改变，从而影响公司决策。另外非正式的存在少受到组织中传统、习惯或文化影响，形成坚强的组织堡垒。因此凡是和传统、习惯、文化有所变异的事物，往往受到维持现状或惯性作用的抵制。
2.角色冲突。一个人在组织之中往往扮演多重角色，在正式组织之中其地位、角色是一种，而在非正式组织又是另一种，在这种双重角色的关系之下常会让人员产生一种僵局。
3.传播谣言。在非正式组织之中人员既有频繁的沟通，一旦消息经过辗转相传往往失真成谣言，尤其在正式组织和非正式组织之间有冲突之处流传更快。
4.顺适。由于非正式组织具备社会控制的作用，因此造成下列的不良现象:抹煞成员创始性；抹煞成员个性；让人员的行为脱离组织所需的行为型态。
5.徇私不公。非正式组织成员因凝聚力特强，容易造成上司偏袒部属。
总之，管理者需要最终在企业内部建立起一种新型的正式组织结构关系，在这种新的组织结构关系中应该更加关注组织的人性化特征和社会成员的个体利益，并进一步增强灵活性。巧妙的利用非正式组织的优势，进行良好的企业管理。
