那什么McrBC ?
- McrBC是一种检测基因组小部分区段的DNA甲基化情况的核酸内切酶。只能降解甲基化的区域，对未甲基化区域不起作用。
- 酶切体系
DNA 0.5ug
McrBC (10U/ul) 4ul
10xBuffer2 5ul
100xBSA 0.5ul
100xGTP 0.5ul
发现其中有一个McrBC实验的图，当时还没在意，到了这几天自己要做的时候，才发现是如此的有用
西红柿NC-McrBC酶切.png
图片解析
- 首先在前文的WGCNA中的M6模块中作者注意到了一个DNA去甲基化酶基因SlDML2(已经被证明控制一些成熟相关基因(RIN等)的启动子区域的DNA去甲基化)，表明在水果成熟过程中，在M6模块中，一些调节成熟的相关基因的启动子区域的去甲基化可能调控组织时空特异表达模式。为了验证这个假设，于是作者拿RIN基因作为一个例子。由于已知RIN的启动子区域是SIDML2靶向的DNA去甲基化区域。然后检测了RIN基因的两个启动子区域(pRIN-1 and pRIN-2)的甲基化情况。
- pME 是一个已知的没有甲基化的区域 (阳性对照)
- pCNR是一个高价基因区域 (阴性对照)
- GTP是McrBC酶切体系中起降解甲基化区域作用的成分，如果没有此成分，酶将会结合到甲基化的DNA上，并不会引起降解
从b图可以看出，作为阳性对照的pME由于是低甲基化区域，所以McrBC酶切几乎不造成影响；而pCNR是高甲基化区域，所以可以看到，加了GTP的，几乎可以说是将该区域 ‘溶解’ 掉了。pRIN1、pRIN2分别在MG 和 Pk阶段，lo 相对于 Pe DNA甲基化明显的下降，仔细观看pRIN2在RR阶段，lo 相对于Pe中 DNA甲基化也降低了。
