R语言学习笔记（1）——R包管理

1.R包的下载和安装

1.1 R CMD INSTALL

下载源码
R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz
也可指定安装库路径：
R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz --library=/your/lib/path
更多参数--help一下

1.2 install.packages

which R   # 查看下路径，是否是刚才自己安装的R。
R  # 或全路径进入R
install.packages('mypackage')
install.packages("packages","repos" = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/",lib="/lib/path")  # 从指定镜像安装

这种方式针对CRAN包。
一般会让你选择镜像。选择自己最近的，有的镜像所含的R包不是很全，需要换一下。如果没有自己想要的镜像，也可自己指定（在R官网中可查镜像https://cran.r-project.org/mirrors.html）。

1.3 下载包的压缩文件并手动安装

有些包无法自动安装，可尝试在网上搜索并下载包的.zip或.tar.gz文件，然后手动安装。具体操作是依次点击IDE上的Tools->Install Packages->Install from
不建议手动安装R包，因为容易因为缺少依赖包而安装失败。

1.4 从GitHub安装包

可以先下载devtools或remotes，然后用其中的install_github函数安装

devtools::install_github("tidyverse/dplyr") #或者
remotes::install_github("tidyverse/dplyr")

在以上命令中，::前面是包名，这是不单独加载包而使用包中函数的写法。
tidyuerse是 Github用户名， dplyr为该用户的名为 dplyr 的 repository （仓库），也是包名。
注意：不是所有的仓库都是 R 包（含有 DESCRIPTION文件是R 包的标志）
以上方法不行的话可以尝试先下载解压再本地安装

1.5 使用BiocManager下载生物相关的R包

大多数生物信息领域的R包可以在bioconductor网站获取。从bioconductor网站获取R包需要安装BiocManager包，再用其中的install()函数安装R包。
注意：BiocManager的版本要和R本体的版本相对应

install.packages("BiocManager")

library("BiocManager")

BiocManager::install("ggplot2")
BiocManager::install("DESeq2")
## 这两步需要的时间蛮长的，建议用screen

1.6 关于R包的迁移

R包默认安装在.../R-4.x.x/library路径下。若想在另一台计算机上复现当前计算机的R语言包环境，只需在那台电脑上安装同版本的R，再以原来的library文件夹覆盖新安装的R的library文件夹即可

.libPaths() #查看包的安装目录

2. R包的加载和查看

library() #查看已经安装的包目录
library(package) #载入mypackage包
getOption("defaultPackages") #查看启动R时自动载入的包。

search()  # 查看当前载入的包
sessionInfo() # 查看R中载入的包

demo("package")  # 展示包中demo
vignette('mypackage')  # 有的包特别是bioconductor的包有vignette
openVignette('mypackage')  # 这个函数也可以查看vignette，更好用一些
RSiteSearch("helpinfor")   # 网站上的“helpinfor”相关信息
help.start()   # 查看已经安装包的详细HTML文档，这个命令非常爽

 # 查询包内信息：
?function/method  # 查看某个“函数”或者“方法”的详细内容
class?graph::graph # 查看“组”的详细内容的一个例子。这个例子的来源是查询graph包时候，查看其中class的信息，输入??graph后出现一个graph::graph-class。

ls("package:mypackage") # 查看"mypackage"中的所有对象。

3. 更新R包

update.packages("openxlsx")
update.packages() #更新所有包

4. 删除R包

remove.packages("openxlsx")

5. 获取和设置当前路径

getwd()  #获取当前路径
setwd("D:/R-4.1.1/tests")  #设置当前路径

注意：路径中的\应当用\\或/替换

6. 其他常见的R包管理命令

help(package = 'mypackage') #查看‘mypackage’的帮助

args(function) # 查看函数的参数
example(function)  # 自动运行该函数帮助文档中的例子，很赞！


methods() # 查看某个S3泛型函数中所有的方法或者一个类中所有的方法（S3：S version 3）
showMethods(class = "myClass") # 查看S4类的方法
findMethods("myMethods") # 查看method的代码
class(myObject) # 查看某个对象的类
getClass(“class/package”) # 查看某个class或者包的具体内容
getSlots("class") # 查看某个class的slot
slotNames(MyObject) # 查看某个对象的slot。
 # 可以使用Myobject@slotNames访问对象的slot值，这个@设计实在是太爽了，可以连续用。

参考资料：
https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/10984983.html
《R语言编程——基于tidyverse》张敬信

R语言学习笔记（1）——R包管理