1.R包的下载和安装
1.1 R CMD INSTALL
下载源码
R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz
也可指定安装库路径：
R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz --library=/your/lib/path
更多参数--help一下
1.2 install.packages
which R # 查看下路径，是否是刚才自己安装的R。
R # 或全路径进入R
install.packages('mypackage')
install.packages("packages","repos" = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/",lib="/lib/path") # 从指定镜像安装
这种方式针对CRAN包。
一般会让你选择镜像。选择自己最近的，有的镜像所含的R包不是很全，需要换一下。如果没有自己想要的镜像，也可自己指定（在R官网中可查镜像https://cran.r-project.org/mirrors.html）。
1.3 下载包的压缩文件并手动安装
有些包无法自动安装，可尝试在网上搜索并下载包的.zip或.tar.gz文件，然后手动安装。具体操作是依次点击IDE上的Tools->Install Packages->Install from
不建议手动安装R包，因为容易因为缺少依赖包而安装失败。
1.4 从GitHub安装包
可以先下载devtools或remotes，然后用其中的install_github函数安装
devtools::install_github("tidyverse/dplyr") #或者
remotes::install_github("tidyverse/dplyr")
在以上命令中，::前面是包名，这是不单独加载包而使用包中函数的写法。
tidyuerse是 Github用户名， dplyr为该用户的名为 dplyr 的 repository （仓库），也是包名。
注意：不是所有的仓库都是 R 包（含有 DESCRIPTION文件是R 包的标志）
以上方法不行的话可以尝试先下载解压再本地安装
1.5 使用BiocManager下载生物相关的R包
大多数生物信息领域的R包可以在bioconductor网站获取。从bioconductor网站获取R包需要安装BiocManager包，再用其中的install()函数安装R包。
注意：BiocManager的版本要和R本体的版本相对应
install.packages("BiocManager")
library("BiocManager")
BiocManager::install("ggplot2")
BiocManager::install("DESeq2")
## 这两步需要的时间蛮长的，建议用screen
1.6 关于R包的迁移
R包默认安装在.../R-4.x.x/library路径下。若想在另一台计算机上复现当前计算机的R语言包环境，只需在那台电脑上安装同版本的R，再以原来的library文件夹覆盖新安装的R的library文件夹即可
.libPaths() #查看包的安装目录
2. R包的加载和查看
library() #查看已经安装的包目录
library(package) #载入mypackage包
getOption("defaultPackages") #查看启动R时自动载入的包。
search() # 查看当前载入的包
sessionInfo() # 查看R中载入的包
demo("package") # 展示包中demo
vignette('mypackage') # 有的包特别是bioconductor的包有vignette
openVignette('mypackage') # 这个函数也可以查看vignette，更好用一些
RSiteSearch("helpinfor") # 网站上的“helpinfor”相关信息
help.start() # 查看已经安装包的详细HTML文档，这个命令非常爽
# 查询包内信息：
?function/method # 查看某个“函数”或者“方法”的详细内容
class?graph::graph # 查看“组”的详细内容的一个例子。这个例子的来源是查询graph包时候，查看其中class的信息，输入??graph后出现一个graph::graph-class。
ls("package:mypackage") # 查看"mypackage"中的所有对象。
3. 更新R包
update.packages("openxlsx")
update.packages() #更新所有包
4. 删除R包
remove.packages("openxlsx")
5. 获取和设置当前路径
getwd() #获取当前路径
setwd("D:/R-4.1.1/tests") #设置当前路径
注意：路径中的\应当用\\或/替换
6. 其他常见的R包管理命令
help(package = 'mypackage') #查看‘mypackage’的帮助
args(function) # 查看函数的参数
example(function) # 自动运行该函数帮助文档中的例子，很赞！
methods() # 查看某个S3泛型函数中所有的方法或者一个类中所有的方法（S3：S version 3）
showMethods(class = "myClass") # 查看S4类的方法
findMethods("myMethods") # 查看method的代码
class(myObject) # 查看某个对象的类
getClass(“class/package”) # 查看某个class或者包的具体内容
getSlots("class") # 查看某个class的slot
slotNames(MyObject) # 查看某个对象的slot。
# 可以使用Myobject@slotNames访问对象的slot值，这个@设计实在是太爽了，可以连续用。
参考资料：
https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/10984983.html
《R语言编程——基于tidyverse》张敬信
