R 语言学习，从头开始

前言：下决心，好好从头学R，记录日常学习（ps：主要是以在Windows学习,中间或许夹杂Linux）

1. R以及Rstudio安装(不再赘述)

2. 安装R包

2.1 通过Rstudio菜单

      Tools--Install Pacakges   
      Pacakges--Install

2.2 通过install.pacakges命令安装

      install.packages('readxl')
      install.packages('writexl')

2.3 通过bioconductor（生信R包）

      if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
        install.packages("BiocManager")
      BiocManager::install(version = "4.0")
      library("BiocManager")

      #一次安装多个包
      BiocManager::install("DESeq2")
      library(DESeq2)
      BiocManager::install("ggplot2")
      BiocManager::install(c("ggplot2","ggtree","DESeq2"))

      #安装特定的包
      source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
      BiocInstaller::biocLite(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))

      #帮助
      help(package="package_name")

3. 常用小函数

      #获取帮助，打开帮助文档首页
      help.start()

      #列出当前已加载包中所含的所有可用示例数据集
      data()

      #工作空间，查看当前的工作目录
      getwd()

      #设定当前的工作目录#
      setwd("D:/software/R/r_homework/R")

      #列出当前工作空间中的对象
      ls()

      #删除目前所有的变量
      rm(list = ls())

      #显示最近使用过的#个命令（默认值为 25），可以不填
      history()

      #保存命令历史到文件 myfile 中（默认值为.Rhistory）
      savehistory("myfile")

      #保存指定对象到一个文件中
      save(objectlist, file="myfile") 

      #显示或设置当前选项
      options()

      #能够显示库所在的位置
      .libPaths()

4. 实例

4.1 案例：年龄及体重

      age = c(1,3,5,2,11,9,3,9,12,3)
      weight = c(4.4,5.3,7.2,5.2,8.5,7.3,6.0,10.4,10.2,6.1)

      #平均值
      mean(age)
      mean(weight)

      #标准差
      sd(weight)

      #相关度
      cor(age,weight)

      #画图
      plot(age,weight)

4.2 案例：随机分布

      #创建了一个包含20个均 匀分布随机变量的向量
      x <- runif(20)
      x
      
      #摘要统计量
      summary(x)
      
      #直方图
      hist(x)

4.3 案例：将输出用为输入

      #利用汽车数据mtcars执行一次简单线性回归，通过车身重量（wt）预测每加仑行驶 的英里数（mpg）
      lm(mpg~wt, data=mtcars)

      #分析结果被继续使用
      lmfit <- lm(mpg~wt, data=mtcars)

      #统计
      summary(lmfit)

      #生成回归诊断图形
      plot(lmfit)

      #将计算和保存影响度量统计量
      cook<-cooks.distance(lmfit)

4.4 案例：利用vcd包中数据

      #安装vcd包
      install.packages("vcd")
      library(vcd)

      #列出此包中可用的函数和数据集
      help(package="vcd")

      #载入这个包并阅读数据集Arthritis的描述
      help(Arthritis)
      Arthritis

      #运行数据集Arthritis自带的示例
      example(Arthritis)      

既然已经能够正常运行R，那么是时候正式开启学习啦，休息一会儿，马上回来！