1977年，复旦恢复招收本科生，次年恢复招收研究生。
1978年，苏步青出任校长、党委委员，夏征农出任党委第一书记，进行了一系列拨乱反正工作，同时倡导民主办校，推动思想解放运动。
1984年，复旦大学成立研究生院。同年，再次被国务院批准为国家重点建设的10所高校之一。
1993年2月，复旦大学提出了“追求优质，争创一流，明确复旦作为高校国家队的坐标位置”的发展大计，并逐步确立“建设世界一流大学”的总体奋斗目标。
1994年，复旦大学通过由国家教育部组织的“211工程”部门预审。
1995年5月22日，江总书记为复旦大学题词：“面向新世纪，把复旦大学建设成为具有世界一流水平的社会主义综合性大学。”
1999年，国家教育部、上海市政府签定共建复旦大学的协议，复旦成为“985工程”的首批建设高校。
2000年4月27日，复旦大学与上海医科大学合并，成立新的复旦大学。（上海医科大学创建于1927年，是中国人自主创办的第一所高等医学院校。建院时名为国立第四中山大学医学院，1932年改称国立上海医学院，1952年更名为上海第一医学院，1959年成为全国重点大学，1985年更名为上海医科大学，1995年通过211工程预审。）
2005年复旦大学百年华诞，胡总书记发来贺信。贺信中称复旦大学是“由中国人自主创办的第一所大学”。国家邮政总局发行复旦百年校庆纪念邮票，这是继北京大学百年校庆后中国第二次为一所大学百年校庆发行邮票。
2006年，“复旦”被评为上海市著名商标。
2007年，“复旦”商标（包括“复旦”二字和图形标识）被国家工商行政管理总局商标局认定为中国驰名商标（教育类），复旦因此成为继清华大学之后，中国第二所获此殊荣的高校。
2009年，复旦入选国家“珠峰计划”。
2016年9月29日，复旦大学青岛研究院揭牌，系复旦上海本部之外的首个院区。
2017年9月，复旦大学入选国家“双一流”（世界一流大学和一流学科）建设高校。
