《万历十五年》是黄仁宇的成名之作，也是他的代表作之一。作者以“大历史观”分析明代社会之症结，观察现代中国之来路，引人深思。英文原本推出后，被美国多所大学采用为教科书，并两次获得美国书卷奖历史类好书的提名。
曾几何时，以德治国是一个很恢宏的口号。中国二千年来，以道德代替法制，至明代而极。结果如何呢？“书中所叙，不妨称为一个大失败的总记录”。万历皇帝朱翊钧成为尧舜之君的梦想破灭，生前无权立储而与臣下冷战三十多年，死后无法实现与所爱的郑妃同穴的渴望；首辅张居正锐意改革，雷厉风行，果敢睿智，然而死后所做全被推翻，所提拔人物全被打倒，几度被抄家，几欲被鞭尸；而深谙中庸之道四处和稀泥，以关系来搞平衡，力图曲线治国的继任首辅申时行也难逃被罢黜的下场；御史海瑞，两袖清风，崇尚古朴，挺身而为民请命，以古稀之年改革土地之流弊，却犹如唐吉诃德跟大风车决斗，被抨击，被迫退休，在荒凉瘴疠乡村，孤苦至死；抗倭名帅戚继光，育良将，创阵法，威震四海，却须仰仗谭纶、张居正这样的靠山方能成功。张居正一倒，戚继光马上下台，遭妻弃，忍贫病，抱恨而终；哲学家李贽，以知府身分挂冠，只欲探究人性，削发为僧，著书立说，却受牢狱之灾，自杀于狱中。即便书中所记配角，也统统没有好结果。黄仁宇认为，“这种情况，断非个人的原因所得以解释，而是当日的制度已至山穷水尽，上至天子，下至庶民，无不成为牺牲品而遭殃受祸。”为什么会这样呢？作者认为，道德代替法制是这一切问题的症结所在。
而这一切的始作俑者是明太祖朱元璋。朱元璋采取严格的中央集权，施政方针是保护落后的农村经济，以均衡维持王朝的安全，这一举措使民穷，使国弱。在精神上，以道德力量作为施政的根本，把儒家思想程朱理学奉为圭臬，大搞愚民政策。官员们明为阳，暗为阴，明清廉，暗贪赃，腐败成风。而文官集团操纵实权，满嘴仁义道德，满肚子私心。人人整人，人人被整。经济、军事、政治……整个社会意识形态被神圣的仁爱笼罩，而里面乌七八糟。官员们行事没有明确的法律条文可资遵循，只能用道德习惯和人事的手腕来应付一切，关系大于一切，为了安全，关系网密结。“得罪了一个人，就得罪了一批人；得罪了一批人，也就得罪了全国。”焉能不滋生腐败？！
以史为鉴，可以知兴替。 美国心理学家普尼克曾指出：“这是一部出色的作品，有关中国人过去和现在的许多问题，你都可以从中找到答案。”王小波评此书，称其“是一面镜子，照见了我们的前辈是怎样作人做事的。……儒学的罐子里长不出现代国家来”。即便现在，人人皆知须“以法治国”的今天，我们国人也常用道德来衡量人和事。遇到什么事情，往往不是从法律的角度运用理性来思考，而是先从道德上去评判。要命的是，人人争而表态，似乎不对其口诛笔伐，则自己必有沆韰一气之嫌。我们这个民族，重感性，重关系，轻理性，轻规则。跟大流，不思考者太多。所以，<<万历十五年>>这本书，不仅对于一个人的成长意义重大，对于一个国家，一个民族的成长也是极有借鉴作用的。
