故事开头由女主克拉丽丝突然被安排去狱中见汉尼拔医生展开，克拉丽丝带着追踪剥皮杀人魔信息的目的，很快就被汉尼拔识破，并且故意用言语刺激她，克拉丽丝最后把自己童年真实的遭遇——她和小羊羔的故事告诉了汉尼拔，听过无数故事的汉尼拔意外地被克拉丽丝的真诚和悲怜感动，同时他也看到了克拉丽丝童年的创伤，她自幼失去双亲，在牧场寄人篱下，当她小时候看到羊羔在尖叫，她拼命想去拯救它，让它不再尖叫，其实是想拯救失去双亲的自己。汉尼拔在克拉丽丝看似温和坚毅的眼神背后藏着的苍凉，在汉尼拔看来，克拉丽丝和他一样，内心是孤独的，在克拉丽丝看来，二人之间还存在一点莫名的默契。
在谈话结束那刻，汉尼拔突然轻扣克拉丽丝的手指说道：“勇敢的克拉丽丝，当你的羔羊停止尖叫的时候，你会告诉我的，是吗？”显然，在汉尼拔心中，对克拉丽丝发生异样的变化。同时，他准备帮助克拉丽丝治疗心灵创伤。
在汉尼拔的指引下，克拉丽丝找到了剥皮的杀人魔，因为童年的遭遇，剥皮杀人魔是个一心想变性的男性，却又害怕痛苦而拒绝做变性手术，于是以杀人剥皮来获得心理慰藉，同时，他喜欢养蝴蝶，因为他觉得有一种破茧成蝶意义，以为缝制人皮衣服穿在身上就能达到改变性别和破茧的目的变态狂！
汉尼拔医生智商非常高，通过指导女主角完成这一案件，也治愈了女主小时候留下的心灵创伤！同时，片中还有不少隐喻，讲述了人性阴暗面和表象之间的关系、自我救赎等更深层次的心理学问题。
