在Mac上使用Aspera的完整步骤

写在前面的话:在经过以下这些步骤之后,我又发现了用图形界面使用Aspera的办法,简单易懂。详见网址:https://www.jianshu.com/p/36a7af2620ac

1、下载Aspera

Download and install Aspera Connect software from: http://downloads.asperasoft.com/connect2/

2、将Aspera Connect添加到环境变量中

【注意:Aspera Connect安装完后在/Users/apple/Applications这个文件夹下;右键点击选择Show Package Contents可进入其内的文件夹】


Show Package Contents

然后找到.bash_profile文件


.bash_profile文件

Finder中打开apple文件夹后,组合键Shift+Command+. 即可看到隐藏文件

或者可以在Terminal或者下载一个iTerm2软件,然后在命令行内输入

cd /Users/apple/

ls -a

也可以直接显示隐藏文件

【注意:apple文件夹在每个人的电脑上的名字不同,可以在Users文件夹下寻找一下,应该和你一开始的文件名相同】

如果没有.bash_profile文件的话,需要自己创建一个,具体操作详见:

https://www.jianshu.com/p/395296db3369

找到.bash_profile文件并打开,加入语句export PATH=/Users/apple/Applications/Aspera_Connect.app/Contents/Resources:$PATH

(注意该行前方不要有#,否则会被注释掉)

保存后退出

重新打开Terminal(即命令行)即可

3、关闭Mac的防火墙

在设置中找到安全-防火墙-关闭

【由于我不知道选择性关闭某些防火墙的方法,所以选择了全部关闭】

了解如何操作的同学,请参照下图关闭

需用到的防火墙/端口

4、Aspera万能使用语句

基本语法(小白直接路过即可)

万能语句
ascp -T -l 640M -i "/Users/apple/Applications/Aspera_Connect.app/Contents/Resources/asperaweb_id_dsa.openssh" anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR153/SRR1533877/SRR1533877.sra /Volumes/bottle_cap/

ascp是Aspera的函数,可以理解为在命令行中使用Aspera

-T和-l的设置可以先不用理解 照抄即可

-i是指定一个密钥 这个文件每个人都相同 在如上路径 照抄即可

anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov: 这里是固定语句 照抄即可

/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR153/SRR1533877/SRR1533877.sra 这就是你需要的文件所在的路径

(关于具体路径如何获得

大网址 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/download/

具体网址 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/public/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR153/SRR1533877/

其余类似)

/Volumes/bottle_cap/ 是你想把文件储存在哪里的具体位置

5、完成

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