最近在分析ATAC-seq的数据 ，得到peak后我想看看这些peak是否注释到的有lncRNA,发现Y叔的ChIPseeker可以实现这个功能，只需要准备peak的bed格式文件和lncRNA的注释文件TxDb。
##载入lincRNA注释文件
library(ChIPseeker)
#source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
#biocLite("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.lincRNAsTranscripts")
library("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.lincRNAsTranscripts")
lincRNA_txdb=TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.lincRNAsTranscripts
##读入bed文件
HSC <- readPeakFile("hsc478_summits.bed")
HSC_lincRNA <- annotatePeak(HSC, TxDb=lincRNA_txdb)
## visualazition
plotAnnoBar(HSC_lincRNA)
## Visualize Genomic Annotation
upsetplot(HSC_lincRNA, vennpie=TRUE)
参考资料：
https://www.biostars.org/p/215069/
关于ChIPseq注释的几个问题
