《内经》的理论体系，就是主要内容、基本结构的研究，是由来已久的。
历代医家对《内经》的内容采用不同的方法进行分类，即是这种研究的主要方式。
历代医家对《内经》的分类，有地失之过繁，有的失之过简，一般认为，李中梓的《内经知要》将《内经》的主要功能分为道生、阴阳、色诊、脉诊、藏象、经络、治则、病能八类，比较能概括《内经》理论体系的主要内容和基本结构。
目前对《内经》的理论体系的认识，就是在这样的基础上发展起来的。
《内经》认为，阴阳五行是自然界的一般规律，所谓“五运阴阳者，天地之道也”就是对这一学说的高度概括。
阴阳五行是人们通过对自然界运动变化的长期观察与认识，随着我国古代自然科学知识的积累和发展，逐步从天文、气象、历算等学科中总结出来的，带有哲理性的基本自然法则。
基于人体生命活动与自然运动变化的密切关系，很自然地运用阴阳五行这一法则，来探讨、分析、归纳人体的生理活动和病理变化，从而演变成医学的阴阳五行学说。
