十二原，也就是人体经脉各自的十二个原穴。之所以要将其单独列出来，当然是因为这些穴位在针刺治疗疾病时，其作用和地位都非常非常地重要。所以经文才有云：“五脏有疾，当取之十二原。”
那么，何谓“原穴”？按经文的意思是说，人体的五脏，在外与六腑相呼应并互为表里；也就是说，人体六腑与五脏之气是表里相通的。而六腑与五脏之气相应的，还有十二个原穴。这十二个原穴的经气，它们各自的输注之源，多出自于人体两肘与两膝以下的四肢关节部位。而这些分布在人体四肢关节以下部位的十二个腧穴，也就是所谓的“十二原”，针刺时都可以用来治疗五脏的疾病。
对此“十二原”，经文进一步解释道：“十二原者，五脏之所以禀三百六十五节气味也。五脏有疾也，应出十二原。而原各有所出，明知其原，睹其应，而知五脏之害矣。”归纳一下，这段说了三层意思：第一，生理上，此十二原穴，乃是人体五脏禀受自然之三百六十五节，而气化吸收后的营养精微物质，注布于体表的部位！第二，基于这样的生理特点可知，人体五脏有病时，其病理变化自然就会反映在此“十二原穴”上；这也就决定了，凡五脏发生的病变，针刺时都应当取此十二个原穴来治疗。第三，病理上，此十二原穴各有其相应的脏腑，因此，通过此十二原各自穴位上所反映出来的病象，当然就可以了解并推断出人体相应脏腑的受病情况了。
接下来便就是具体的十二原穴了。五脏中的心肺两脏，它们位于人体胸膈以上，位为上阳位；但阳位也还是可分阴阳的。其中阳位中的少阴是肺脏，其原穴是太渊，左右共有两穴；而阳中的太阳是心脏，其原穴是大陵穴，左右两侧同样也是两穴。至于五脏中的肝、脾、肾三脏，它们都位于胸膈以下；下位属阴，但此阴位同样也可以再分出阴阳来。其中的阴中之少阳是肝脏，其原穴为太冲，左右共两穴；阴中之至阴是脾脏，其原穴为太白，左右两穴；阴中之太阴是肾脏，其原穴为太溪，左右共计两穴。另外特别地，除五脏之外，在胸腹部的脏器附近，还有膏和肓的两个原穴！膏的原穴叫鸠尾，属任脉，只有一穴；肓的原穴为气海，属任脉，同样也只有一穴。总结以上，五脏共十穴，加上膏和肓的各一穴，合计共十二穴，即所谓的“十二原”。人体的这十二原穴，都是脏腑经络之气输注于体表的部位，故而可以用以针刺治疗人体五脏六腑的各种疾患。举例说明，比如凡是患有腹胀病患的，针刺治疗时就当取足三阳经，即取足太阳膀胱经、足阳明胃经、足少阳胆经的原穴予以治疗。而凡患有完谷不化的泄泻病证时，针刺治疗则当取足之三阴经，即取足太阴脾经、足少阴肾经、足厥阴肝经的原穴进行治疗。
最后需要特别说明的是，《灵枢-九针十二原第一》篇中所指的十二原穴名称，乃是由五脏的十穴和膏、肓的各一穴组成，而并没有六腑所属的原穴。但在《灵枢-本输第二》中，“十二原”则分别指六腑的原穴。而后世所通称的“十二原”，则是将《灵枢-九针十二原篇第一》中所指的五脏原穴与《灵枢-本输篇第二》篇中所指的六腑原穴合计，再加上心经之神门穴而组成的。
