公元359年，东晋太守诸葛攸统帅二万水兵、步兵攻击前燕，军队从石门进入，驻扎在黄河的小岛上。前燕慕容评率步骑和诸葛攸在东阿交战，诸葛攸大败。
十月，朝廷下诏让谢万率军驻扎在下蔡，郗昙驻扎在高平，准备攻打前燕。谢万豪放自负，对人傲慢，整天只是自命清高，不曾抚慰兵众，他的哥哥谢安对此深感忧虑，对谢万说：“你做为统兵的主帅，应该经常接触众将领以使他们内心高兴愉悦，哪有如此傲慢而能成大事的呢！”
于是谢万召集众将领，拿着如意指着坐在四周的将领们说：“诸位都是勇猛的老兵。”众将听后，更加痛恨他。
谢安担心谢万难免遭受不测，就亲自深入到各队主将以下的人中，一一拜访，用深厚的情谊拜托他们。
此后谢万率兵进入涡水、颖水之间去支援洛阳，郗昙因病后退，驻扎在彭城。谢万以为郗昙后退是因为前燕的兵势强盛，随即也将军队撤回，于是兵众惊慌溃散，谢万自己狼狈逃回，军中将士本想乘着他的失败谋算他，考虑到谢安的缘故，才没这样干。
谢万逃回建康后，被下诏废黜为庶人，郗昙的封号也降为建武将军，从此许昌、颍川、谯、沛等郡都相继覆没于前燕。
谢万的哥哥谢安从小就名重一时，朝廷前后多次征召，他都不就任，平时就闲居在会稽，以山水、文献典籍为乐。虽然谢安身为布衣百姓，但当时的人都对他寄予三公和相辅的期望，士大夫们总是在一起议论说：“谢安不出山，叫百姓该怎么办！”
司马昱听到此话后说：“谢安既然能够与人同乐，就一定不会不与人同忧，征召他一定会就任的。”
谢安的妻子，是名士刘惔的妹妹，她看到谢家门庭显赫而谢安却自甘寂寞不思进取，就对谢安说：“大丈夫不应当如此。”谢安回答说：“我只是怕难以逃脱兄弟们的命运。”等到弟弟谢万被废黜以后，为了谢氏家族的未来，已经四十多岁的谢安不得不进身仕途。
征西大将军桓温向朝廷请求让谢安做司马，谢安应召就任，桓温十分高兴，以礼相待，非常看重他。
公元361年，十九岁的晋穆帝司马聃病死，因他没有子嗣，太后褚蒜子说：“琅琊王司马丕，是朝廷中兴以来的正统嫡传，不论是道德名声还是族亲地位，没有人能和他相比，让琅琊王奉接帝位！”
司马丕是晋成帝司马衍的长子，当初晋成帝去世后本该由司马丕登基，但当时掌权的庾冰因为害怕其登基后失去权势所以以司马丕年幼为由反对，没想到十九年后，皇位还是传到了他的头上。
于是司马丕即皇帝位，实行大赦，尊自己的生母周氏为皇太妃，将晋穆帝安葬在永平陵。
权倾朝野的桓温上疏请求将都城从建康迁回到洛阳，把从永嘉之乱以来迁徙流落到长江以南的人，全部北迁，以充实河南地区的力量。朝廷害怕桓温，不敢持异议，然而北方地区萧条冷落，人们内心都感到怀疑恐惧，虽然全都知道桓温的请求不可行，但没有人敢于率先进谏。
扬州刺史王述说：“桓温不过是想虚张声势来威胁朝廷罢了，并非真的想迁都，我们只要依从他，他自己就不会去了。”
于是朝廷诏令桓温说：“昔日发生的丧乱，转眼已经过了五十多年，戎狄肆行暴虐，后继者也承袭着他们凶狠的恶行，回首西望，感慨叹息。得知你想亲率三军，扫荡污秽，廓清中原，光复旧都，如果不是有以身殉国的志向，谁能如此！现在各种措施安排，都依靠仰仗你的深谋远虑，只是黄河、洛水的废墟，需要经营治理的很多，开始修整的辛苦，一定会导致你心力劳累。”将整修洛阳这个烫手的事务又交给了桓温，迁都的事情果然就没有实行了。
后来，朝廷为了安抚桓温，又任命他担任了侍中、大司马、都督中外诸军事，并给予他持黄钺（以黄金为装饰的斧子，帝王专用，或特赐给重臣）的礼遇。桓温任命王坦之为长史，又任命郗超为参军，王珣为主簿，每件事情都要和这两个人商量。
桓温气概清高卓越，很少有人能被他所看重，他常常说郗超深不可测，待他非常尽心，郗超也很认真地与桓温交往。王珣是王导的孙子，他和谢玄都是桓温的辅佐，桓温对他们都很看重，常说：“谢玄年届四十的时候必定会拥旄杖节（统帅军队遣使四方），而王珣会成长为黑头公（少年而居高位者），全都是不可多得的人才。”
晋哀帝司马丕相信方术之言，不吃饭仅靠吃药以求长生不老，高崧劝谏说：“这不是帝王应该干的事情，如果这样，陛下就是犯了过失。”司马丕不听劝谏，不久，因为药性发作，不能亲临朝政，褚太后又一次临朝听证。
朝廷任命扬州刺史王述为尚书令，又让桓温担任扬州牧入朝参政，桓温一再辞让，坚决不来。
王述每次接受任命，从不虚情假意地辞让，他表示推辞的，就肯定不接受，到他做尚书令时，儿子王坦之对他说：“根据惯例，应当表示辞让。”王述说：“你认为我不能胜任吗？”王坦之说：“那倒不是，只是能辞让自然是件好事。”王述说：“既然能够胜任，为什么又要辞让，人们都说你比我强，我看你肯定比不上我！”
第二年，前燕再次攻打洛阳，守将陈祐出逃，桓温于是将军队转移到姑孰镇守，任命他的弟弟桓豁监荆州、扬州、雍州的军事，桓冲监江州及荆、豫八郡的诸军事，和司马昱商量北上征讨之事。
结果在第二天，司马丕就在西堂驾崩了，征讨事宜也就只得搁置起来。因为司马丕没有子嗣，褚太后下达诏令，让司马丕的同母弟弟司马奕继承了帝位，于是百官到琅琊王的宅第去迎接他。当天，司马奕即皇帝位，实行大赦。
