生信技能树2021生信入门线上课笔记，需要结合课程讲解服用

1.删除变量rm()
删除全部rm(list=ls());也可以点击小扫把
清除控制台ctrl+l；透明小扫把

2.match习题答案

load("matchtest.Rdata")
colnames(y) = x$ID[match(colnames(y),x$file_name)]
#以y的顺序取X，重新命名y

load("matchtest.Rdata")
x = x[match(colnames(y),x$file_name),]
identical(x$file_name,colnames(y))#判断两者是否相同，相同返回T
colnames(y) = x$ID
#思路同上，分步进行，期间要注意重新赋值X

R包来源及安装（搜素R包来源；安装过程的提示不需要看，除非有明确的error）

1.CRAN：相当于官网http://cran.r-project.org/web/views/

install.packages()

2.bioconducntor：存放与生信相关的R包http://cran.r-project.org/web/views/

BiocManager::install()

3.github：http://github.com

devools::install_github(‘用户名/包名字’）

#本地安装，下载后放在工作目录下
devtools::install_local("AnnoProbe-master.zip",upgrade = F)

4.安装历史版本的R包https://www.jianshu.com/p/163f77ecfcfb
手动安装R包https://blog.csdn.net/lym152898/article/details/77572163

5.安装过程中能no就no，不行再选yes

6.判断式安装

if(!require(stringr))install.packages("stringr")

7.更新所有R包

update.packages()

安装后需要加载，要不然会报错找不到函数（一次安装，每次打开新的session都要加载）

library(tidyr)#是检查是否安装成功的标准，没安装成功会报错
require(tidyr)

R包安装前需设置镜像（国内）

国内镜像推荐
清华镜像(tuna，Beijing)
中科大镜像(ustc，Hefei)

设置方式：

1.tools–global option-packages-选择中科大或清华
2.代码

options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

R包安装和使用的逻辑：安装包--加载包--使用包里的函数

已安装、不加载，直接使用 dplyr::filter()