BWA简介
BWA（Burrow-Wheeler Aligner），是一款将DNA序列mapping到参考基因组上的软件。有三个比对算法：BWA-backtrack，BWA-SW和BWA-MEM。详情可以看看李恒的解释。
-
BWA-backtrack: 100bp以内的短序列，对应的命令：
aln/samse/sampe（samse=sample single-end，sampe=sample paired-end）。 -
BWA-SW: 支持长序列（ 70bp-1Mbp）和剪接性比对（split alignments)，对应的命令：
bwasw。 -
BWA-MEM: 同样支持长序列和剪接性比对比对，推荐使用的算法（更新、更快、更准），对应的命令
mem。
BWA使用
1. 构建索引
reads比对前，需要对fasta构建FM-index。
index Usage：
bwa index [ –p prefix ] [ –a algoType ] <in.db.fasta>
OPTIONS:
-p STR 输出数据库的前缀（默认和输入文件名一致）
-a [is|bwtsw] 构建index的算法： is 是默认算法，相对较快，但需要较大内存，不适合超过2G的基因组。 bwtsw 对于基因组大于2G的，如人类基因组。
示例：
bwa index ref.fa
bwa index -a is ref.fa #对小基因组建立index，速度快，内存消耗大
bwa index ref.fa -p genome
bwa index -a bwtsw ref.fa #对于大基因组建立FM-Index
2. 比对
1). mem比对
mem Usage: bwa mem [options] ref.fa reads.fq [mates.fq]
最常用的比对方法，mem 使用的 MEMs(maximal exact matches） 进行seedling alignments, 再使用 SW(affine-gap Smith-Waterman 算法）进行seeds延伸，mem 进行局部比对和剪接性，因此，对于一条序列的不同区域可能会产生多种最优匹配结果， 这对于long reads 来说尤为重要。 有些软件如 Picard’s markDuplicates 跟 mem 的这种剪接性比对不兼容,在这种情况下，可以使用 –M 选项来将 shorter split hits 标记为次优。
常用参数：
-t 线程数，默认1。
-M 将 shorter split hits 标记为次优，以兼容 Picard’s markDuplicates 软件。
-p 若无此参数：输入文件只有1个，则进行单端比对；若输入文件有2个，则作为paired reads进行比对。若加入此参数：则仅以第1个文件作为输入(输入的文件若有2个，则忽略之)，该文件必须是read1.fq和read2.fa进行reads交叉的数据。
-R STR 完整的read标头，可以用 '\t' 作为分隔符， 在输出的SAM文件中被解释为制表符TAB. read group 的ID，会被添加到输出文件的每一个read的头部。
-T INT 当比对的分值比 INT 小时，不输出该比对结果，这个参数只影响输出的结果，不影响比对的过程。-a 将所有的比对结果都输出，包括 single-end 和 unpaired paired-end的 reads，但是这些比对的结果会被标记为次优。
示例：
bwa mem ref.fa reads.fq > aln-se.sam
bwa mem ref.fa read1.fq read2.fq > aln-pe.sam
bwa mem -t 4 -M -R "\@RG\tID:{library}\tLB:{library}\tPL:Illumina\tPU:{sample}\tSM:{sample}\" ref.fa read1.fastq read2.fastq > mem-pe.sam 2> ./mem-pe.log
2). align/samse/sampe比对
对于single-read：
bwa aln [options] ref.fa read.fq > aln_sa.sai
bwa samse [options] ref.fa aln_sa.sai read.fq > aln-se.sam
对于pair-reads：
bwa aln [options] ref.fa read1.fq > aln_sa1.sai
bwa aln [options] ref.fa read2.fq > aln_sa2.sai
bwa sampe [options] ref.fa aln_sa1.sai aln_sa2.sai read1.fq read2.fq > aln-pe.sam
经典的 bwa 先使用 aln 命令将单独的 reads 比对到参考序列，再使用 samse 或 sampe 生成 sam 文件。用法：
bwa aln ref.fa short_read.fq > aln_sa.sai
bwa samse ref.fa aln_sa.sai short_read.fq > aln-se.sam
bwa sampe ref.fa aln_sa1.sai aln_sa2.sai read1.fq read2.fq > aln-pe.sam
bwa bwasw ref.fa long_read.fq > aln.sam
3). bwasw比对
bwa bwasw genome long_read.fq > aln.sam
bwa bwasw genome read1.fq read2.fq > aln-pe.sam
3. 人类示例
# 建索引
bwa index -a bwtsw -p hg19 hg19.fa 1>hg19.bwa_index.log 2>&1
# 比对
bwa mem -t 5 -M -R @RG\tID:KPGP-00001_L1\tSM:KPGP-00001_L1\tLB:WGS\tPL:Illumina ~/reference/index/bwa/hg19 KPGP-00001_L1_R1.fq.gz KPGP-00001_L1_R2.fq.gz 1>KPGP-00001_L1.sam 2>KPGP-00001_L1.bwa.align.log
Ref：https://www.jianshu.com/p/3b86615d647b
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https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/181/
