Q20:质量值为20,表示错误率为1/100,正确率99%
Q30:质量值为30,表示错误率为1/1000,正确率为99.9%
phix:
扩增子测序,质量控制出现下面的情况,推测原因:
1.测序过程中,液路系统进了气泡,核实办法,去看原始的照相图片,如果图像上有大片的白光,那说明是气泡问题;
- 就是你们测序的对象,是个碱基超级不平衡的样品,而且测序过程中没掺入phix进行碱基平衡。
目前的解决方案是:
在测低复杂度的文库时,掺入一定量的高复杂度文库。最常用的掺入文库是Illumina出品的PhiX文库,也有些实验室会用哺乳类动物的基因组文库来增加文库的复杂度,效果是一样的。
PhiX文库有以下的特点:
PhiX文库中GC含量约为45%,是碱基比例较为平衡的样本。
PhiX DNA就是ΦX174噬菌体的DNA,其基因组的长度是4kb略多,其序列已清楚地被测定。
PhiX DNA文库没有Index,所以在样本Demultiplex的过程中,被挪到undetermined的文件中,不会与别的有Index的文库相混。
PhiX的序列是已知的,所以,在测序过程中,仪器会对PhiX的序列进行比对,算出Phasing和Pre-Phasing(一个簇中,有多少比例的DNA是少合成了一个碱基(Phasing),又有多少比例的DNA是多合成了一个碱基(Pre-Phasing)