2022.8.18 测序.png

三代测序.png

测序

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基因数据

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• Fastq：一种文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式,一般都包含有4行。【第一行：由‘@’开始，后面跟着序列ID和可选的描述，序列ID是唯一的；第二行：碱基序列；第三行：由‘+’开始，后面是序列的描述信息；第四行：第二行序列的质量评价(quality value)】
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• Fastq文件→Fasta文件
  Linux命令
  方法1：sed '/^@/!d;s//>/;N' your.fastq > your.fasta
  方法2：seqtk seq -A input.fastq > output.fasta
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• 数据库
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• EMBL → Fasta格式转换（在线工具）：
  http://www.geneinfinity.org/sms/sms_embltofasta.html
• 常见测序文件格式解析的网站：
  https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1