细菌DNA提取是实验室常做的实验之一。根据细胞壁结构和染色性能不同,细菌可分为革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌。其中,革兰氏阳性菌的细胞壁由于具有较厚的肽聚糖结构,一般的细菌DNA提取试剂盒难以将其彻底裂解,提取得率往往不高。我们实验室在细菌DNA提取方面积累了很多经验,用过多种国内外提取试剂盒,以下是我们实验室在细菌DNA提取方面的一些经验与体会。
一、革兰氏阳性菌DNA提取效果比较
枯草芽孢杆菌是一种有益细菌,为革兰氏阳性菌,广泛分布在土壤及腐败的有机物中,因常见于枯草浸液中而得名。我们实验室以三份同样量的枯草芽孢杆菌样本,分别使用Qiagen的Blood & Cell Culture DNA Midi Kit (25)、BIOG的细菌DNA提取试剂盒以及国内某知名公司N的快速纯化细菌DNA提取试剂盒进行了横向对比提取实验,提取的浓度及纯度如图表所示。从提取的浓度上来看,BIOG细菌DNA提取试剂盒所提取的浓度最高,为1511.68ng/μL,Qiagen次之,但相差并不大,几乎一致;而某知名公司N的提取浓度就稍显逊色,与BIOG和Qiagen相比,差了两倍浓度值。说明BIOG和Qiagen的DNA提取试剂盒都能够充分裂解细菌的细胞壁,使得细菌DNA得以被最大限度的释放出来,同时两个试剂盒中的消化液对菌液中的蛋白和DNA外层的蛋白也起到了很好的消化作用,综合这两种因素,枯草芽孢杆菌的DNA提取得率得到了大幅度提升。
此外,提取的DNA纯度也是评价细菌DNA提取试剂盒的标准,A260/A280比值在1.7-1.9范围内表明DNA的纯度较好。根据三种试剂盒提取的细菌DNA纯度检测显示,BIOG和Qiagen提取的细菌DNA纯度都达到了该标准,说明两种试剂盒都可最大限度的去除蛋白、脂类等杂质污染。
二、革兰氏阴性菌DNA提取效果比较
革兰氏阴性菌通常以大肠杆菌为代表,这是一种肠道内的条件致病菌,在机体免疫力低下时,大肠杆菌容易感染机体引起尿路感染、肠道感染等疾病。同样的,我们准备了三份等量的大肠杆菌样本,分别用Qiagen、BIOG以及国内某知名公司N的细菌DNA提取试剂盒进行了DNA提取。结果如图表所示,三份大肠杆菌的DNA提取浓度分别为1256.58 ng/μL(Qiagen)、1233.47 ng/μL(BIOG)以及606.25 ng/μL(N公司),Qiagen和BIOG品牌的细菌DNA提取试剂的提取浓度相近,较N公司的提取浓度高出1倍;三份样本的DNA提取纯度A260/A280比值分别为1.88(Qiagen)、1.82(BIOG)以及1.64(N公司),Qiagen和BIOG所提取的DNA纯度都符合标准。
两项结果说明Qiagen和BIOG的试剂盒对大肠杆菌的DNA提取具有更优异的性能,无论是浓度,还是纯度,都具有不错的表现。
以上就是我们实验室的一些经验介绍,综合下来,Qiagen和BIOG是我们实验室使用下来效果不错的两款细菌DNA提取试剂盒。不过大家注意哦,购买Qiagen的Blood & Cell Culture DNA Midi Kit (25)用来提取细菌样本时,还需要搭配购买其Genomic DNA Buffer Set。