大白说生信
首先是安装bbmap，bbmap中有这2个命令
https://anaconda.org/bioconda/bbmap
如下：详细的看网页
To install this package with conda run one of the following:
conda install -c bioconda bbmap
conda install -c bioconda/label/cf201901 bbmap
方法一：
用以下命令修复：
bbrename.sh in1=read1.fq in2=read2.fq out1=renamed1.fq out2=renamed2.fq
bbrename.sh 下载地址网上自行搜索
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对于多个fq文件，可以用以下命令：
while read line
do
nohup bbrename.sh in={line}_R2.fq out=
{line}_R2.sh.fq &
done < name.txt #####其中，name.txt指的是包含sample名字文件
方法二：
使用repair.sh进行修复：
while read line
do
nohup repair.sh in={line}_R2.fastq out=
{line}_R2.sh.fastq &
done < name.txt
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对于以上命令我都试了，我遇到的问题第一个可以，文件格式 fastq.gz也可以，另外就是记得输出文件要和源文件命名不同，以防覆盖。
renam后文件会变小，可能是合并部分文件造成的。
祝各位顺利！
