Miniconda的安装和使用

一、装备

1. 下载

• 查看自己服务器是多少位的（64/32）：uname -a
  
  我这就是64的
• 进入miniconda 清华，下载相应最新版（或按需）conda安装包
• 复制下载链接，wget 下载链接

「for Windows」请记住这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴；
「for Mac」直接cmd + c复制 ,cmd + v粘贴

下载后出现以上界面

我安装错位置了，用mv换了

2. 安装：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

该 yes 就 yes，该 enter 就 enter

安装过程.png

3. 激活：source ~/.bashrc

安装成功-在conda环境下.png

1|uname -a #查看服务器多少位
2|wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.11.0-Linux-x86_64.sh #下载
3|bash Miniconda3-py39_4.11.0-Linux-x86_64.sh #安装
4|source ~/.bashrc #激活

4. 添加镜像：

# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

二、conda环境下软件的安装与卸载(以fastqc为例)

1. 查看当前服务器上安装的所有软件列表: conda list
2. 安装软件: conda install fastqc -y
   -安装特定版本: conda install fastqc=0.11.7 -y
   (-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes)
3. .确认fastqc软件是否安装成功: fastqc --help
4. 卸载软件 conda remove fastqc -y

三、conda分身

• 适用于不同项目需要不同软件版本，因此构建不同conda环境

1. 查看当前conda有哪些环境: conda info --envs(前面带*的就是默认的)
   
   现在只有一个conda环境
2. 建立一个名叫rnaseq的conda环境，指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成) :
   conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
   
   创建后再次查看，能发现前面还是base，即默认还是base
3. 激活新的conda环境: conda activate rna-seq
   
   前面已经是rna-seq了
4. 退出当前环境: conda deactivate

以上
from 生信星球学习小组第130期