千钧一发之际，正在紫禁城内南书房读书的皇次子爱新觉罗·绵宁挺身而出。

他亲率身边侍卫、太监赶到养心殿重地，关闭宫殿大门，以宫墙为防线阻击天理教西路军。数名天理教徒攀爬宫墙，并向宫内施放冷箭、抛击石块，企图让清军不战自溃。绵宁身先士卒，亲自操鸟铳击毙两人，终于遏制住敌人的攻势，初步稳定了队伍、稳住了人心。

紧接着，绵宁派人火速联络宫内外王公大臣，通报紫禁城内危难情形，急调千余名火器营官兵入宫平叛。大队清军迅疾出动包围西华门，将邪教徒们堵在皇宫内。

经过两天一夜的激战，72名闯入皇宫的邪教徒被擒杀，清廷方面死伤百余人，史称“癸酉宫变”。

经被俘邪教徒告发，九月十七日，林教主在北京城郊落入法网。

“癸酉宫变”，是大清帝国立国170年来，紫禁城第一次遭受大规模武装袭击，朝野震怖、举国哗然。宫变发生后，北京城进入紧急状态，所有城门全部关闭，大批清军挨家挨户对所有三品以下官员及军民展开地毯式大搜查。京城人心浮动，谣言甚嚣尘上。在口口相传中，匪徒由数百人节节攀升至数十万人，有人传言太监谋逆行刺，有人妄言西长安门已被叛军攻破，有人谣传皇城已然沦陷……负责驻守午门的副都统策凌（正二品）被谣言吓得弃门而逃，民间更有闻变自杀、乃至全家为清廷殉节者。

林教主被捕当天，帝国最高统治者——嘉庆皇帝匆匆赶回北京。

此时，紫禁城乍遭刀兵灾殃，虽已修缮粉饰，仍不免于处处狼藉。皇帝路过隆宗门时，看到门楼牌匾上未及清理的箭矢，想象几天前的激战场景，不由得怅然长息。

乾清门外，嘉庆皇帝颁布《遇变罪己诏》，称此次宫变是“汉、唐、宋、明未有之事”，唯有皇帝本人和满朝大臣“反躬修省，改过正心”，才能够“上答天慈，下释民怨”。