Linux的应用商店——Conda
今天用到的是miniconda
以fastqc为例
学习
- 查看已安装的软件
- 软件的安装
- 软件的卸载
安装miniconda
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cd ~/biosoft进入biosoft目录 -
wget 下载链接将miniconda下载到服务器(相当于下安装包） -
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh此处bash后为示意 - 该回车回车，该yes就yes
Thank you for installing Miniconda3！- 激活！！
source ~/.bashrc - 输入
conda，出现满屏的信息说明成功
添加镜像
因为直接从国外的官方网站下载速度实在...
所以我们要用到国内的镜像网站
使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
使用conda
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conda list查看已安装软件列表 -
conda install fastqc -y安装软件
命令后面加上 -y 后，当执行该命令后，出现 需要选择确认或取消的时候，（即选择y/n的时候），自动选择y
如果需要指定安装老版本
`conda install fastqc=0.11.7 -y`
`fastqc --help` 出现一大片文字（软件的帮助文档），说明安装成功
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conda remove fastqc -y卸载软件 -
conda update 软件名更新软件
conda环境的建立
不同的项目需要不同的环境
- 查看当前conda有哪些环境
conda info --envs前面带*的就是默认的 - 建立新环境示范（转录组数据）
建立名为rna-seq的conda环境，指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
成功创建页面 - 激活新的conda环境
conda activate rna-seq
用户名前出现rna-seq环境标识 -
此后输入软件名称会出现帮助信息，可用来帮助检测环境是否可以使用
fastqc帮助信息 - 进入base环境
conda activate base
在一个环境中可以用这个命令直接转换到另一个环境 - 退出当前环境
conda deactivate
