1、认识conda-软件管理
最方便快捷的软件下载器，没有之一。它的作用就相当于App store，90%以上的软件都能搜到，一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可。——生信星球
学习Linux一定要抛弃图形界面的思维！——生信星球
2、 在服务器下载conda
miniconda.png
- 查看服务器多少位
uname -a
bio06@VM-0-6-ubuntu:~$ uname -a
Linux VM-0-6-ubuntu 4.15.0-118-generic #119-Ubuntu SMP Tue Sep 8 12:30:01 UTC 2020 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
-
安装最新版本
下载最新版本.png -
wget+已复制下载链接
使用wget命令.png -
中间很多提示，该enter就按enter，该yes就yes。
安装完成.png - 最后还得激活：
source ~/.bashrc输入 conda 命令
激活.png -
添加镜像：加快下载软件速度
使用中科大镜像.png
3、使用conda-安装和卸载软件
- 查看软件列表
conda list - 安装指定版本软件：
conda install fastqc=0.11.7 -y
安装fastqc.png -
fastqc --help查看安装是否成功。 - 卸载软件：
conda remove fastqc -y
(base) bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda rm fastqc
CommandNotFoundError: No command 'conda rm'.
(base) bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda remove fastqc
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /home/bio06/miniconda3
removed specs:
- fastqc
4、拓展知识：conda environment
conda环境.png
- 中间手输错了代码，一直退不出来，然后就输入了
gedit。 -
激活新环境&退出当前运行环境。
激活新环境.png
5、conda卸载：rm -rf ~/miniconda3
卸载conda.png
6、思维导图
Day3-Linux环境下安装与卸载软件.png
注：本小节实操演练过程都是通过生信星球小组学习的，各种资源和软件也都是生信星球提供和指导，非常感谢！
以上。
