写在前面：本文为微信公众号:生信星球的数据挖掘线上班的随堂笔记，感谢小洁老师的付出！

文件读取

1. 读取文件常用的R包包

   
   

• readFastq（）
• writeFastq（）

2. 可导入R语言的常见生信数据格式

   
   

• 去除提示信息的函数suppressMessages()

• 读取bam使用scanBam(“文件.bam”)

• fread和rio包的读取更加小巧智能，但出错也更难解决。

• 注释开头的文件（比如#为注释）需要进行comment.char= “#”的设置。

• 读txt：read.table(“文件名.txt”) ; read_tsv(“文件名.txt”) ; fread(“文件名.txt”)

• fread的跳过注释行需要使用skip= “某行”，没有专门处理注释的参数。

读取soft文件：难以直接读取，带有不同符号的注释。

1. read.delim/read_tsv后设置跳过注释行
   2.使用fread并使用skip=“跳过行所在的列”
   3.使用import设置分隔符format= “分隔符比如\t”,加上skip=“跳过行”

• read.csv/table 较慢，但只要设置好参数
• read_csv/tsv 快，性能优于楼上
• fread 智能而且快，但是没有comment设置
• import 同上

作业

1. 规整的tsv/csv文件——首选rio包的import文件，但它不能设置行名。
2. txt.gz文件使用read_tsv读取，注释使用comment=“注释符”
   3.行名的设置可以后期赋值解决，或者使用read.csv读取设置rowname=1。

使用read.table时把TCGA的列名中的"-"改为了".",使用check.names=F搞定它。

绘图

1作图常用R包

1. base

   
   
   基础包

• 高级绘图函数：绘制整个图的函数

• 低级绘图函数：给图片添加内容的函数

  
  
  绘图参数
• dev.off() #关闭画图板

2. ggplot2

   
   

• 入门级的一个通用公式

  
  
  模板
• 映射就是属性，即可以对图作的更改，属性=列名/手动指定

• 根据列名设置的属性在aes内设置，列名无需引号

  
  
  映射

• 手动设置的内容作为参数设置，需要在aes外设置，且需要加上引号

  
  
  手动设置
• 分面：facet_wrap(~列名)根据列名切割图成为几个分图
• 分双面：facet_grid(列名1~列名2)

3. ggpubr：以发表为目标的包

2 拼图R包

1. base：par的mfrow
2. patchwork：好用又好学
3. cowplot：权威
4. grid.arrange
5. customLayout

3 导出图片

1. pdf()三段
2. ggsave：所用基于ggplot2的图都可以保存
3. export：graph2ppt：可以生成矢量图直接调整