写在前面：本文为微信公众号:生信星球的数据挖掘线上班的随堂笔记，感谢小洁老师的付出！
文件读取
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读取文件常用的R包包
- readFastq（）
- writeFastq（）
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可导入R语言的常见生信数据格式
去除提示信息的函数suppressMessages()
读取bam使用scanBam(“文件.bam”)
fread和rio包的读取更加小巧智能，但出错也更难解决。
注释开头的文件（比如#为注释）需要进行comment.char= “#”的设置。
读txt：read.table(“文件名.txt”) ; read_tsv(“文件名.txt”) ; fread(“文件名.txt”)
fread的跳过注释行需要使用skip= “某行”，没有专门处理注释的参数。
读取soft文件：难以直接读取，带有不同符号的注释。
- read.delim/read_tsv后设置跳过注释行
2.使用fread并使用skip=“跳过行所在的列”
3.使用import设置分隔符format= “分隔符比如\t”,加上skip=“跳过行”
- read.csv/table 较慢，但只要设置好参数
- read_csv/tsv 快，性能优于楼上
- fread 智能而且快，但是没有comment设置
- import 同上
作业
- 规整的tsv/csv文件——首选rio包的import文件，但它不能设置行名。
- txt.gz文件使用read_tsv读取，注释使用comment=“注释符”
3.行名的设置可以后期赋值解决，或者使用read.csv读取设置rowname=1。
使用read.table时把TCGA的列名中的"-"改为了".",使用check.names=F搞定它。
绘图
1作图常用R包
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base
基础包
- 高级绘图函数：绘制整个图的函数
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低级绘图函数：给图片添加内容的函数
绘图参数 dev.off() #关闭画图板
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ggplot2
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入门级的一个通用公式
模板 - 映射就是属性，即可以对图作的更改，属性=列名/手动指定
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根据列名设置的属性在aes内设置，列名无需引号
映射 -
手动设置的内容作为参数设置，需要在aes外设置，且需要加上引号
手动设置 - 分面：
facet_wrap(~列名)根据列名切割图成为几个分图 - 分双面：
facet_grid(列名1~列名2)
- ggpubr：以发表为目标的包
2 拼图R包
- base：par的mfrow
- patchwork：好用又好学
- cowplot：权威
- grid.arrange
- customLayout
3 导出图片
- pdf()三段
- ggsave：所用基于ggplot2的图都可以保存
- export：graph2ppt：可以生成矢量图直接调整
