BED (Browser Extensible Data)格式文件就是通过规定行的内容来展示注释信息
- BED文件每行至少包括chrom，chromStart，chromEnd三列；另外还可以添加额外的9列，这些列的顺序是固定的。
- 在自定义BED文件时，前面可以有注释行，以“browser”或“track”开头，可以设置一些参数便于浏览器更好展示BED文件信息。但是，下游的一些分析工具，例如bedToBigBed，是不接受有注释的BED文件的。
# BED文件必须的3列:
- chrom - 染色体号; 例如，chr1，chrX。。。。。。。
- chromStart - feature在染色体上起始位置. 从0开始算，染色体上第一个碱基位置标记为0。
- chromEnd - feature在染色体上终止位置。染色体上前100个碱基片段的位置位置标记为：chromStart=0, chromEnd=100。 实际上，第100个碱基不属于当前片段中，当前片段的碱基应该是0-99。所以在BED文件中，起始位置从0开始，终止位置从1开始。
# BED文件可选的9列:
- name - BED行名，在基因组浏览器左边显示；
- score - 在基因组浏览器中显示的灰度设定，值介于0-1000；
gray score
strand - 正负链标记. Either "." (=no strand) or "+" or "-".
thickStart - feature起始位置(for example, the start codon in gene displays)。 When there is no thick part, thickStart and thickEnd are usually set to the chromStart position.
thickEnd - feature编码终止位置 (for example the stop codon in gene displays).
itemRgb - R,G,B (e.g. 255,0,0)值，当itemRgb 设置为 "On"，BED的行会显示颜色.
blockCount - blocks (exons)数目.
blockSizes - blocks (exons)大小列表，逗号分隔，对应于blockCount.
blockStarts -blocks (exons)起始位置列表，逗号分隔，对应于blockCount.；这个起始位置是与chromStart的一个相对位置。
# Example 1: BED文件示例
track name=pairedReads description="Clone Paired Reads" useScore=1
chr22 1000 5000 cloneA 960 + 1000 5000 0 2 567,488, 0,3512
chr22 2000 6000 cloneB 900 - 2000 6000 0 2 433,399, 0,3601
# Example 2: itemRgb 添加颜色
browser position chr7:127471196-127495720
browser hide all
track name="ItemRGBDemo" description="Item RGB demonstration" visibility=2 itemRgb="On"
chr7 127471196 127472363 Pos1 0 + 127471196 127472363 255,0,0
chr7 127472363 127473530 Pos2 0 + 127472363 127473530 255,0,0
chr7 127473530 127474697 Pos3 0 + 127473530 127474697 255,0,0
chr7 127474697 127475864 Pos4 0 + 127474697 127475864 255,0,0
chr7 127475864 127477031 Neg1 0 - 127475864 127477031 0,0,255
chr7 127477031 127478198 Neg2 0 - 127477031 127478198 0,0,255
chr7 127478198 127479365 Neg3 0 - 127478198 127479365 0,0,255
chr7 127479365 127480532 Pos5 0 + 127479365 127480532 255,0,0
chr7 127480532 127481699 Neg4 0 - 127480532 127481699 0,0,255
- 上面信息在the Genome Browser展示结果，查看 BED itemRgb; 其中
Pos和Neg分别由一种不同的颜色标记。
BED itemRgb
# 参考：
