目标：我有个a_1.fq.zg和 a_2.fq.zg 都是2G 测序的双端文件，我想把他拆分成俩个文件，拆分成1.6G，b_1.fq.zg和 1.6G b_2.fq.zg；以及 0.4G c_1.fq.zg和0.4G c_2.fq.zg，保证拆分后的文件仍然是配对的，可以进行mapping，提供具体软件进行操作。

1. 计算行数

zcat 5_24h_R1.raw.fq.gz | wc -l
109656520

2 由于 FASTQ 文件中每个序列占 4 行，所以总共的 序列数（reads） 计算如下：

109,656,520 ÷ 4 = 27,414,130 序列

目标拆分
你希望拆分成：

1.6G 部分（约 80%）
0.4G 部分（约 20%）
按照比例：
80% 部分：27,414,130 × 0.8 ≈ 21,931,304 序列
20% 部分：27,414,130 × 0.2 ≈ 5,482,826 序列

3. 使用 seqkit split2 进行拆分

seqkit split2 -1 5_24h_R1.raw.fq.gz -2 5_24h_R2.raw.fq.gz -s 21931304 -O output_dir

seqkit split2 不能同时处理两个文件，你需要用 -1 和 -2 选项分别指定双端数据。

结果

拆分后的文件会存放在 output_dir/ 目录下，生成：

output_dir/
    5_24h_R1.part_001.fq.gz  5_24h_R2.part_001.fq.gz  # ≈ 1.6G
    5_24h_R1.part_002.fq.gz  5_24h_R2.part_002.fq.gz  # ≈ 0.4G