常规3个验证思路:
1)高通量的生信数据挖掘的结果,用低通量的实验技术去验证,也就是我们常规说的,qCPR,WB/IHC简单验证下筛选出hub gene或者单基因的表达水平(mRNA+protein level)
2)数据库进行验证,常规的筛选数据集和验证数据集,GEO和TCGA等相互验证等
3)更多比例的基础实验验证,如第1点的实验验证,你选取的对象是细胞,那么再补充临床样本或者动物水平,再进行qCPR,WB/IHC检测,样本类型之间的多重验证,比光一类细胞的样本会可信很多。
更进一步,如你最后筛选的单基因,可增加对它进行敲低/过表达,开展功能实验,与生信分析的功能富集进行结果验证。
以上验证思路,其中第3点的验证量比较大,常规基础实验有这样的实验量,都可以发2分水平了,大家要衡量好生信分析 vs 实验验证量的比例,目标是几分,对应生信分析的比例多大?——充分利用资源
发现很多临床的学生,连qPCR都不是特别明白,以下几个实验是大家最好了解的。
1.mRNA表达:qPCR
2.蛋白表达类:WB,IHC,ELISA
3.敲低/过表达(质粒-转染等)
4.功能实验
细胞增殖:cck-8/MTT
细胞迁移:划痕
细胞侵袭/转移:transwell,invasion
周期/凋亡:流式细胞仪
克隆形成:soft-agar等
...
这些都是基础实验2分水平的常规实验,再3+以上,就需要更细致了