RNAfold使用2

问题：是否有关于频率，多样性，以及自由能的阈值呢

在评估RNA二级结构的稳定性时，可以参考一些关键指标：频率（frequency）、多样性（diversity）以及自由能（free energy）。这些指标的具体阈值可以根据研究的具体需求和RNA序列的特性有所不同。以下是一些通用的指导原则：

1. **自由能（Free Energy）**：

- **一般阈值**：通常，RNA分子结构的自由能越低，结构越稳定。没有一个固定的阈值适用于所有情况，但在许多研究中，-3 kcal/mol 被认为是一个合理的稳定结构阈值。

- **解释**：自由能负值越大，表明结构越稳定。对于较短的RNA片段，自由能值在 -1 至 -5 kcal/mol 之间是常见的。对于较长的RNA序列，自由能值会更负。

2. **频率（Frequency）**：

- **一般阈值**：频率值（即MFE结构在热力学集群中的出现频率）越高，结构越稳定。通常，频率在0.2以上被认为是相对稳定的结构。

- **解释**：频率表示在热力学集群中某个特定结构出现的比例。高频率表示该结构在多种可能的折叠方式中更为普遍和稳定。

3. **多样性（Diversity）**：

- **一般阈值**：多样性是衡量热力学集群中不同结构的数量。一般来说，多样性值在1到5之间表示结构较为一致和稳定。较高的多样性（如大于5）表明结构可能不太稳定或有多个稳定的折叠方式。

- **解释**：低多样性值表示热力学集群中结构较为一致，即一种或几种结构占主导地位。高多样性值表示结构多样化，表明RNA分子可能存在多种稳定构象。

### 示例计算

假设你使用 `RNAfold` 计算了一个RNA序列的结构，输出如下：

```sh

RNAfold -p --MEA < sequence.fa

CGACGUAGAUGCUAGCUGACUCGAUGC

(((.((((.......)).))))).... (-1.90 kcal/mol)

((.((..((.......))..)).)).. [ -2.86 kcal/mol]

((.((..((.......))..)).)).. { -4.80 d=3.57}

((.((..((.......))..)).)).. { -4.80 MEA=14.90}

frequency of mfe structure in ensemble 0.20997; ensemble diversity 4.19

```

### 解释

- **自由能**：MFE结构的自由能为 -1.90 kcal/mol，表示该结构相对稳定。

- **频率**：MFE结构在集群中的频率为 0.20997，表示大约21%的情况下RNA会折叠成这种结构，表明它是一个相对常见的结构。

- **多样性**：集群多样性为 4.19，表示在集群中存在一定程度的结构多样性，但不是特别高，表明大部分结构相对一致。

这些指标可以帮助你判断RNA二级结构的稳定性和定义程度。具体的阈值可以根据研究的需求和RNA的类型进行调整。如果需要更详细的阈值和具体应用，请参考相关文献和研究报告【36†source】【37†source】【38†source】。