Pyro简介:产生式模型实现库(一),模型

简介:

用Python框架实现产生式模型,最基本要实现的,就是概率函数。这类函数的实现,包含两个要素

  • 确定性的Python代码
  • 随机数产生器

具体来说,随机函数可以是任何具备__call__()方法的Python对象,或者Pytorch框架里的nn.Module方法。
在本教程里,所有的随机函数被叫做模型,表达模型的方法,和正常的Python方法没有区别。

安装:

pip install pyro-ppl

或者:

git clone https://github.com/uber/pyro.git
cd pyro
python setup.py install

注意:Pyro只支持python3.*,不支持Python 2.*!

最基础的随机函数模型

Pyro利用了Pytorch的distribution libraray。举个例子,我们想采样x服从标准正态分布\mathcal{N}(0,1),我们这样做:

import torch
import pyro

pyro.set_rng_seed(101)

loc = 0. # 均值为0
scale = 1. #标准差为1

normal = torch.distributions.Normal(loc, scale) #构造一个正态分布的对象
x = normal.rsample() #从N(0,1)采样
print("sample", x)
print("log prob", normal.log_prob(x)) # 采样分数

##结果:
##sample tensor(-1.3905)
##log prob tensor(-1.8857)

normal = pyro.distributions.Normal(loc, scale) #构造一个正态分布的对象
x = normal.rsample() #从N(0,1)采样
print("sample", x)
print("log prob", normal.log_prob(x)) # 采样分数

##结果:
##sample tensor(1.3834)
##log prob tensor(-1.8759)

这里torch.distributions.NormalDistribution类的子类,它已经实现了采样和打分功能。Pyro的库pyro.distributions打包了torch.distributions的方法,这样做科研利用Pytorch的数学方法和自动求导功能。

一个简单的例子

假设我们手里有一批数据,记录了日常气温和阴晴。我们希望研究气温和阴晴的关系。于是我们首先用Pytorch构造如下函数,来描述数据的生成过程:

def weather():
    cloudy_ = torch.distributions.Bernoulli(0.3).sample()
    cloudy = 'cloudy' if cloudy_.item() == 1. else 'sunny'
    mean_temp = {'cloudy': 55., 'sunny': 75.}[cloudy] # 注意,温度是华氏单位
    scale_temp = {'cloudy': 10., 'sunny': 15.}[cloudy] 
    temp = torch.distributions.Normal(mean_temp, scale_temp).rsample()
    return cloudy, temp.item()

我们逐行解释这个函数。在第二行,我们定义一个二值变量cloudy_,其伯努利参数0.3表示其值为1的概率。第三行cloudy为字符串变量,取值为‘cloudy’(阴天)或者‘sunny’(晴天)。模型规定,30%的可能性是阴天,70%的可能性是晴天。第四行规定,阴天的平均温度为华氏55度(约12.78°C),晴天为华氏75度(约23.89°C)。第五行规定了标准差。
下面我们使用Pyro重写上面的函数。

def weather():
    cloudy_ = pyro.sample('cloudy', pyro.distributions.Bernoulli(0.3))
    cloudy = 'cloudy' if cloudy_.item() == 1.0 else 'sunny'
    mean_temp = {'cloudy': 55.0, 'sunny': 75.0}[cloudy]
    scale_temp = {'cloudy': 10.0, 'sunny': 15.0}[cloudy]
    temp = pyro.sample('temp', pyro.distributions.Normal(mean_temp, scale_temp))
    return cloudy, temp.item()

for _ in range(3):
    print(weather())

###结果:
#('cloudy', 64.5440444946289)
#('sunny', 94.37557983398438)
#('sunny', 72.5186767578125)

从表面来看,我们仅仅利用了pyro.sample,然而并非如此。假如我们想问,得到采样为70度,有多大概率是阴天?利用Pyro回答这个问题的方法,为了不破坏教程的连续性,我们将在下个教程中讲解。

框架的通用性:递归随机函数、高阶随机函数、随机数控制流

我们定义下面的简单模型:

def ice_cream_scales():
    cloudy, temp = weather()
    expected_sales = 200. if cloudy == 'sunny' and temp > 80. else 50.
    ice_cream = pyro.sample('ice_cream', pyro.distributions.Normal(expected_sales, 10.))
    return ice_cream

到此为止都是令人满意的。我们要问,Pyro能否涵盖更加复杂的模型?答案是肯定的。
由于Pyro是基于Python代码的,它可以定义任意复杂的控制流,哪怕其中包含了随机数,也没有问题。例如,我们可以定义递归的随机函数,每次我们输入给pyro.sample确定性的采样。再如,我们定义几何分布,即计数实验失败的次数,直到实验成功为止:

def geometric(p, t=None):
    if t is None:
        t = 0
    x = pyro.sample('x_{}'.format(t), pyro.distributions.Bernoulli(p))
    if x.item() == 1.:
        return 0
    else:
        return 1 + geometric(p, t + 1)
print(geometric(0.5))
# 结果,注意该结果每次采样不一定相同
# 3 

注意,在上面的geometric()函数里,系统将动态生成诸如x_0x_1这样的变量。
我们还可以把别的随机函数的结果作为新定义函数的变量,或者创造一个新函数。请看下面的例子:

def normal_product(loc, scale):
    z1 = pyro.sample('z1', pyro.distributions.Normal(loc, scale))
    z2 = pyro.sample('z2', pyro.distributions.Normal(loc, scale))
    y = z1 * z2
    return y

def make_normal_normal():
    mu_latent = pyro.sample('mu_latent'', pyro.distributions.Normal(0., 1.))
    fn = lambda scale: normal_product(mu_latent, scale)
    return fn

make_normal_normal()中,其中一个输入是随机函数,该随机函数包含3个随机变量。
Pyro支持Python代码的各种形式:循环,递归,高阶函数,等等。这意味着Pyro具有通用性,更由于Pyro基于Pytorch而可以灵活地使用GPU加速。我们将在后面的教程中,逐渐介绍Pyro的强大用法。

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