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第五章《海瑞-古怪的模范官僚》
第六章《戚继光-孤独的将领》
第七章《李贽-自相冲突的哲学家》
三章分别从一个清廉却是古怪的“官僚”海瑞、谋略兼备的却孤独的“武官”戚继光、追求自由个性和突破却深陷道德泥潭的自我矛盾的“思想家”李贽，在文官政治统治下，阴阳两种性格的冲突之中，他们注定都是成为了当时时代的牺牲品。
海瑞有着极高的“个人理想“，试图建立一个只有“阳“的社会，他眼里容不进“阴”的东西，所以必遭整个文官集团的唾弃，而可怕的是他这种道德模范的作用才只是一种象征，正如李贽所讲，贪官必然可恶，而一个过于清廉的官员的危害更大，因为它审判整个社会的标准便是道德，而这种道德更多是一种“个人的理想”。
戚继光作为一个重文抑武的政治体制下在面对外寇入侵应运而生的一位武将，他不仅有着训练一只铁军的胆识，还有着各种战术上的谋略，在政治上也能阴阳调和，从整体上讲，他是一位成功的军事家，也成功的抵住了外侮，保证了东南沿海的和平稳定。但是他的这些成绩并不能对整个明朝日趋腐化的军事带来体制上变革，因而数年之后面对清朝的铁骑，我们便见到明朝的军队及军官的腐朽无能和不堪一击。
李贽作为一个儒家学说的继承者，有力的传承了王阳明心学的一元论，以致个人走上了追求自由与个性，尝试与社会伦理的约束作抗争，抛弃空乏的道德理论，但又认为吃饭穿衣便是伦理，因而他的抗争并不能彻底，他依靠着地主阶层，在如此矛盾之中所形成的学说不成系统，行为和思想前后不一致并最终招致杀身之祸。但他的这种抗争却给那时沉闷的思想界带来一点点震荡。
黄仁宇先生在本书结尾所做的结论基本上敲定了本书的论调。
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