如果你想替换特定的样本名称，你可以创建一个包含旧名称和新名称的文件，然后使用bcftools reheader命令进行替换。这个文件的格式应该是每行一个旧名称和一个新名称，中间用制表符或空格分隔。
bcftools reheader 输入是gz格式，则输出也是gz格式的。输入为未压缩格式，输出也是未压缩格式。
例如，你的替换文件（我们称之为replace.txt）可能看起来像这样：
oldname1 newname1
oldname2 newname2
oldname3 newname3
然后，你可以使用以下shell命令来替换样本名称：
bcftools reheader -s replace.txt input.vcf.gz -o output.vcf.gz
tabix -p vcf output.vcf.gz
在这个命令中，replace.txt是你的替换文件，input.vcf.gz是你要修改的文件，output.vcf.gz是输出文件。
