如何在CNGBdb存储单细胞数据?

你的组学数据都存在哪里?NCBI,EBI....除了这些你还可以选择国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)。


CNGBdb 的数据[存]储功能由旗下的国家基因库序列归档系统(CNSA,db.cngb.org/cnsa)负责,CNSA可实现单细胞【测序数据】和【分析数据】的一站式归档服务。

单细胞测序数据

单细胞的测序数据可在CNSA数据提交入口的实验/测序板块递交,递交流程可参考操作手册。

操作手册页面


单细胞分析数据

2020年8月7日,CNSA新增的单细胞数据归档功能,主要归档使用单细胞技术产生数据的分析结果,包括表达矩阵、MM坐标矩阵、聚类文件等。

# 单细胞分析数据递交流程:在提交单细胞数据之前,请先创建项目和样本。


数据递交流程

01单细胞递交入口

在提交入口页点击“单细胞”进入提交流程。

02关联项目

填写该次提交的单细胞数据关联的项目编号和细胞数量

03提交单细胞数据文件和元数据

先根据数据文件格式要求和数据上传方式上传数据文件。注意:基因表达文件必须提交,其他类型的文件可选。如果您的基因表达文件、元数据文件和聚类文件需要分组,请在文件名中添加分组名称。

下载单细胞元数据提交模板,填写后上传。系统将依次校验提交文件中的每个表,如果字段校验不通过,请根据弹框提示的校验规则和错误行号进行修改,然后重新上传。

元数据校验通过后,系统将对数据文件进行MD5值校验。您可以在数据文件模块查看数据文件状态,如果有未通过校验的文件,请点击“查看”并根据弹框中的提示信息做相应处理。

04个人中心查看递交结果

当数据文件的状态为“校验完成”时,请点击“提交”,系统会自动分配单细胞编号(CSEXXXXXXX),并在10秒后跳转到我的提交-单细胞,可在此页面元数据状态列可以查看单细胞数据编号并下载元数据文件。


首发公号:国家基因库大数据平台

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