【conda】安装报错“CondaValueError: You have chosen a non-default solver backend (libmamba) but it was n...

本来conda安装软件运行良好,接着安装blast,不知道哪个软件触发了什么,报错

Error while loading conda entry point: conda-libmamba-solver (libarchive.so.19: can not open shared object file: No such file or directory)

CondaValueError: You have chosen a non-default solver backend (libmamba) but it was not recognized. Choose one of: classic

安装别的软件也是报错。后来只要涉及到conda命令都会在一开始列出该错误。

第一个行错误表示conda在加载conda-libmamba-solver时找不到libarchive.so.19这个共享库文件。

conda-libmamba-solver是conda安装的一个包,可能是安装别的软件时依赖安装的。

[root@BK-machine] conda list |grep conda-libmamba*
conda-libmamba-solver     24.1.0             pyhd3eb1b0_0    defaults

造成第一个error的可能原因:

  • libarchive版本不匹配,依赖的libarchive版本高于当前系统中的版本。
  • libarchive共享库文件没有正确安装或目录结构失配
  • conda环境中的依赖关系错误,导致找不到对应的文件。

使用conda list | grep libarchive 查看了libarchive版本

[root@BK-machine] conda list | grep libarchive
libarchive                3.6.2                h039dbb9_1    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge            
libarchive                3.7.4                hfca40fe_0    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

#查看/usr/lib 或/usr/local/lib等路径下是否真的存在libarchive.so.19文件。
[root@BK-machine]ls /usr/lib |grep libarchive #不存在
[root@BK-machine]ls /usr/local/lib |grep libarchive #不存在
[root@BK-machine] ls /usr/lib64/libarch*
/usr/lib64/libarcher.so      /usr/lib64/libarchive.so.13.3.3
/usr/lib64/libarchive.so.13
但版本不一致。

看起来libarchive.so.19在系统中不存在。可能是在conda的依赖包里面
使用find / -name 'libarchive.so.*' 2>/dev/null 查找整个系统中是否存在。未果。

尝试conda update --all 升级conda和依赖版本,但error依然存在,阻止更新。

从第二个问题入手:

网络查询解决方案:

1. 临时解决办法

conda update conda --solver=classic

2. 一劳永逸解决方法

conda config --set solver classic

运行完后报错消失,连第一个错误也没有了。神奇~ 又可以愉快的安装软件了。

其实上面这条命令是在.condarc文件(/root/.condarc)最后添加了一行:

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - defaults
show_channel_urls: true
solver: classic

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