修改cluster的标签前,先要确认当下的默认ident是哪个:
假设有个seurat object 叫做scRNA:
# method-1
levels(x = scRNA)
# method-2
glimpse(scRNA@active.ident)
如果该默认ident需不是想要进行操作的,需要更改为想进行操作的那个:
scRNA <- SetIdent(scRNA, value = "functional.cluster")
改好后可以操作,如果需要修改全部,那么假设新的clusters的名字叫做 new.cluster.ids, 它等于从('M1','M2','M3','M4','M5','M6','M7','M8'),那么
new.cluster.ids=c('M1','M2','M3','M4','M5','M6','M7','M8')
scRNA <- RenameIdents(scRNA, new.cluster.ids)
如果需要更改部分cluster的名称,假设旧名字为C1,C2,C3,新名字为0,1,2
scRNA <- RenameIdents(object = scRNA, '0' = 'C1', '1' = 'C2', '2' = 'C3')
如果需要将某一个cluster再次细分成为两个,首先需要获得你想要重新标记的这个部分细胞的barcode,例如:
data.sub.1 <- subset(scRNA, subset = Leiden_scVi == '11')
## leiden分类得到的unique 的cluster
Idents(scRNA) <- "seurat_clusters"
scRNA[["orig_seurat_clusters"]] <- Idents(scRNA) ## 备份 old clustering result
scRNA <- SetIdent(scRNA, cells = colnames(data.sub.1), value = "0")
scRNA@meta.data$seurat_clusters <- scRNA@active.ident ## 保存修改后的ident