seurat查看数据结构和提取表达矩阵

1. 查看数据结构

> str(main_tiss_filtered1)

Formal class 'Seurat' [package "Seurat"] with 13 slots
  ..@ assays      :List of 1
  .. ..$ RNA:Formal class 'Assay' [package "Seurat"] with 8 slots
  .. .. .. ..@ counts       :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  .. .. .. .. .. ..@ i       : int [1:71326513] 0 3 23 25 39 41 66 80 85 88 ...
  .. .. .. .. .. ..@ p       : int [1:23515] 0 2969 5234 12319 14233 21507 23971 27395 31379 32472 ...
  .. .. .. .. .. ..@ Dim     : int [1:2] 26485 23514
  .. .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2
  .. .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:26485] "A1BG" "A1BG-AS1" "A1CF" "A2M" ...
  .. .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:23514] "A10_1001000329" "A10_1001000407" "A10_1001000408" "A10_1001000410" ...
  .. .. .. .. .. ..@ x       : num [1:71326513] 3 68 141 12 1 553 2 17 1 219 ...
  .. .. .. .. .. ..@ factors : list()
  .. .. .. ..@ data         :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  .. .. .. .. .. ..@ i       : int [1:71326513] 0 3 23 25 39 41 66 80 85 88 ...
  .. .. .. .. .. ..@ p       : int [1:23515] 0 2969 5234 12319 14233 21507 23971 27395 31379 32472 ...
  .. .. .. .. .. ..@ Dim     : int [1:2] 26485 23514
  .. .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2
  .. .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:26485] "A1BG" "A1BG-AS1" "A1CF" "A2M" ...
  .. .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:23514] "A10_1001000329" "A10_1001000407" "A10_1001000408" "A10_1001000410" ...
  .. .. .. .. .. ..@ x       : num [1:71326513] 3 68 141 12 1 553 2 17 1 219 ...
  .. .. .. .. .. ..@ factors : list()
  .. .. .. ..@ scale.data   : num[0 , 0 ] 
  .. .. .. ..@ key          : chr "rna_"
  .. .. .. ..@ assay.orig   : NULL
  .. .. .. ..@ var.features : logi(0) 
  .. .. .. ..@ meta.features:'data.frame':  26485 obs. of  0 variables
  .. .. .. ..@ misc         : NULL
  ..@ meta.data   :'data.frame':    23514 obs. of  52 variables:
  .. ..$ orig.ident                  : chr [1:23514] "SeuratProject" "SeuratProject" "SeuratProject" "SeuratProject" ...
  .. ..$ nCount_RNA                  : num [1:23514] 594781 662644 602263 185720 914254 ...
  .. ..$ nFeature_RNA                : int [1:23514] 2969 2265 7085 1914 7274 2464 3424 3984 1093 717 ...
  .. ..$ well                        : chr [1:23514] "A10" "A10" "A10" "A10" ...
  .. ..$ plate                       : chr [1:23514] "1001000329" "1001000407" "1001000408" "1001000410" ...
  .. ..$ cell_id                     : chr [1:23514] "A10_1001000329" "A10_1001000407" "A10_1001000408" "A10_1001000410" ...
  .. ..$ sample_name                 : chr [1:23514] "LT_S07" "LT_S21" "LT_S21" "LT_S21" ...
  .. ..$ patient_id                  : chr [1:23514] "TH103" "TH185" "TH185" "TH185" ...
  .. ..$ gender                      : chr [1:23514] "Female" "Male" "Male" "Male" ...
  .. ..$ race                        : chr [1:23514] "White or Caucasian" "Asian" "Asian" "Asian" ...
  .. ..$ smokingHx                   : chr [1:23514] "Never" "Never" "Never" "Never" ...
  .. ..$ histolgy                    : chr [1:23514] "Adenocarcinoma" "Adenocarcinoma" "Adenocarcinoma" "Adenocarcinoma" ...
  .. ..$ driver_gene                 : chr [1:23514] "ALK" "EGFR" "EGFR" "EGFR" ...
  .. ..$ driver_mutation             : chr [1:23514] "fusion" "L858R" "L858R" "L858R" ...
  .. ..$ secondary_mutation          : chr [1:23514] NA "CDK2NA/B, STK11 R86*, TP53 C242S, S241F" "CDK2NA/B, STK11 R86*, TP53 C242S, S241F" "CDK2NA/B, STK11 R86*, TP53 C242S, S241F" ...
  .. ..$ Notes                       : chr [1:23514] NA NA NA NA ...
  .. ..$ stage.at.dx                 : chr [1:23514] "IV" "IV" "IV" "IV" ...
  .. ..$ pathlogy_review             : chr [1:23514] "positive" "no eval" "no eval" "no eval" ...
  .. ..$ biopsy_date                 : chr [1:23514] "2017-02-22" "2017-07-18" "2017-07-18" "2017-07-18" ...
  .. ..$ sort_date                   : chr [1:23514] "2017-02-22" "2017-07-18" "2017-07-18" "2017-07-18" ...
  .. ..$ biopsy_type                 : chr [1:23514] "Thoracentesis" "Thoracentesis" "Thoracentesis" "Thoracentesis" ...
  .. ..$ biopsy_site                 : chr [1:23514] "Pleura" "Pleura" "Pleura" "Pleura" ...
  .. ..$ primary_or_metastaic        : chr [1:23514] "Metastatic" "Metastatic" "Metastatic" "Metastatic" ...
  .. ..$ biopsy_time_status          : chr [1:23514] "PD" "Early" "Early" "Early" ...
  .. ..$ early_treatment_status      : chr [1:23514] NA "PD" "PD" "PD" ...
  .. ..$ best_response_status        : chr [1:23514] "PD" "PD" "PD" "PD" ...
  .. ..$ biopsy_timing               : chr [1:23514] "Late" "Early" "Early" "Early" ...
  .. ..$ analysis                    : chr [1:23514] "grouped_pd" "grouped_pd" "grouped_pd" "grouped_pd" ...
  .. ..$ treatment_history           : chr [1:23514] "prior" "naive" "naive" "naive" ...
  .. ..$ treatment_history_detail    : chr [1:23514] "Prior TKI/ immunotherapy" "on firsline TKI" "on firsline TKI" "on firsline TKI" ...
  .. ..$ line_of_therapy             : chr [1:23514] "6th" "1st" "1st" "1st" ...
  .. ..$ treatment_type              : chr [1:23514] "TKI" "TKI" "TKI" "TKI" ...
  .. ..$ treatment                   : chr [1:23514] "trametinib" "erlotinib" "erlotinib" "erlotinib" ...
  .. ..$ percent_PFS_ref_values      : num [1:23514] NA 9.7 9.7 9.7 9.7 NA NA NA NA 18.9 ...
  .. ..$ percent.PFS.reference.values: chr [1:23514] NA "9路7 months (95% CI 8路4-12路3)" "9路7 months (95% CI 8路4-12路3)" "9路7 months (95% CI 8路4-12路3)" ...
  .. ..$ infections                  : chr [1:23514] "none" "none" "none" "none" ...
  .. ..$ early_bx_day                : int [1:23514] NA 2 2 2 2 NA NA NA NA NA ...
  .. ..$ treatment_start_date        : chr [1:23514] "2017-02-24" "2017-07-15" "2017-07-15" "2017-07-15" ...
  .. ..$ pfs_over_under              : chr [1:23514] NA "under" "under" "under" ...
  .. ..$ pfs_day                     : chr [1:23514] "4" "110" "110" "110" ...
  .. ..$ pfs_month                   : chr [1:23514] "0.1" "3.7" "3.7" "3.7" ...
  .. ..$ date_of_death               : chr [1:23514] "2017-03-02" "2018-05-25" "2018-05-25" "2018-05-25" ...
  .. ..$ stageIII.IV_ca_dx_date      : chr [1:23514] "2014-03-01" "2017-06-20" "2017-06-20" "2017-06-20" ...
  .. ..$ ca_dx_OS                    : chr [1:23514] "1,097" "339" "339" "339" ...
  .. ..$ percent.ercc                : num [1:23514] 0.127 0 0 0 0 ...
  .. ..$ percent.ribo                : num [1:23514] 0.0118 0.0434 0.0239 0.0494 0.0218 ...
  .. ..$ X                           : int [1:23514] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
  .. ..$ sample_type                 : chr [1:23514] NA NA NA NA ...
  .. ..$ sort_plate_number           : chr [1:23514] NA NA NA NA ...
  .. ..$ Sequence_Run1               : chr [1:23514] NA NA NA NA ...
  .. ..$ stage                       : chr [1:23514] NA NA NA NA ...
  .. ..$ treatment_status            : chr [1:23514] NA NA NA NA ...
  ..@ active.assay: chr "RNA"
  ..@ active.ident: Factor w/ 1 level "SeuratProject": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  .. ..- attr(*, "names")= chr [1:23514] "A10_1001000329" "A10_1001000407" "A10_1001000408" "A10_1001000410" ...
  ..@ graphs      : list()
  ..@ neighbors   : list()
  ..@ reductions  : list()
  ..@ images      : list()
  ..@ project.name: chr "SeuratProject"
  ..@ misc        : list()
  ..@ version     :Classes 'package_version', 'numeric_version'  hidden list of 1
  .. ..$ : int [1:3] 3 2 3
  ..@ commands    : list()
  ..@ tools       : list()

2.提取表达矩阵

> GetAssayData(object = main_tiss_filtered1, slot = "counts")

26485 x 23514 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
   [[ suppressing 38 column names ‘A10_1001000329’, ‘A10_1001000407’, ‘A10_1001000408’ ... ]]
   [[ suppressing 38 column names ‘A10_1001000329’, ‘A10_1001000407’, ‘A10_1001000408’ ... ]]
                                                                                                       
A1BG      3  .  . .  . 18  74   1  . .  . . .   .   .    .   .    . 1 . . 12 43 .   . . . 12    . .   .
A1BG-AS1  .  .  . .  .  .   .   .  . .  . . .   .   .    .   .    . . . .  .  . .   . . .  .    . . 159
A1CF      .  .  . .  .  .   .   .  . .  . . .   .   .    .   .    . . . .  .  . .   . . .  .    . .   .
A2M      68  .  . .  .  . 201 702  . . 99 6 . 932   . 7263 100 1520 . . .  .  4 .   . . .  . 1550 .   .
A2M-AS1   .  .  . .  .  .   .   .  . .  . . .   .   .    .   .    . . . .  .  . .   . . .  .    . .   .
A2ML1     .  .  1 .  2  .   .   .  . .  . . .   .   .    .   .    . . . .  .  . .   . . .  .    . .   .
A2MP1     .  .  . .  .  .   .   .  . .  . . .   .   .    .   .    . . . .  .  . .   . . 4  .    . .   .
A3GALT2   .  .  . .  .  .   .   .  . .  . . .   .   .    .   .    . . . .  .  . .   . . .  .    . .   .
A4GALT    . 52  3 . 34  .   .   .  . .  . . .   .  90  269   .    . . . .  .  . .   . . .  .   33 .   .
A4GNT     .  .  . .  .  .   .   .  . .  . . .   .   .    .   .    . . . .  .  . .   . . .  .    . .   .
AA06      .  .  . .  .  .   .   .  . .  . . .   .   .    .   .    . . . .  .  . .   . . .  .    . .   .
AAAS      .  . 25 .  .  .   .   . 18 .  . . .   . 342    .   .    . . . .  .  2 . 165 . .  .    . .   .
AACS      .  .  8 .  .  .   .   .  . .  . . .   .  11    .   .    . . . .  .  . .   . . .  .    . . 664
                                         
A1BG     .    .  4    . .    .   . ......
A1BG-AS1 .    .  .    . .    .  11 ......
A1CF     .    .  .    . .    .   . ......
A2M      . 1735 29 1503 . 1166 221 ......
A2M-AS1  .    .  .    . .    .   . ......
A2ML1    .    .  .    . .    .   . ......
A2MP1    .    .  .    . .    .   . ......
A3GALT2  .    .  .    . .    .   . ......
A4GALT   .   14  .    . .    .   . ......
A4GNT    .    .  .    . .    .   . ......
AA06     .    .  .    . .    .   . ......
AAAS     .    .  .    . .   33   . ......
AACS     .    .  .    . .    .   . ......

 ..............................
 ........suppressing 23476 columns and 26459 rows in show(); maybe adjust 'options(max.print= *, width = *)'
 ..............................
   [[ suppressing 38 column names ‘A10_1001000329’, ‘A10_1001000407’, ‘A10_1001000408’ ... ]]
                                                                                                     
ZSWIM8-AS1   . .  . .  .  .   .   . .  .  .   . .   .   .   .  .   . . . .  .  . .  . . .   .   . . .
ZUFSP        . .  . .  .  .   .   . .  .  .   . .   .   .   .  .   . . . .  .  . .  . . .   .   . . .
ZW10         . .  . . 75  .   .   . .  .  .   . .   .   .   .  .   . . . .  .  . .  . . .   .   . . .
ZWILCH       . .  2 . 29  .   .   . .  .  .  23 .   .   .   .  .   . . . .  .  . .  . . .   .   . . .
ZWINT        . .  . .  .  .   .   . .  .  .   . .   .   .   .  .   . . . .  .  . .  . . .   .   . . .
ZXDA         . .  . . 15  .   .   . .  .  .   . .   .   .   .  .   . . . .  .  . .  . . .   .   . . .
ZXDB         . .  . .  .  .   .   . . 31  .   . .   .   .   .  .   . . . .  .  . .  . . . 162   . . .
ZXDC         . .  . . 11 11 177   . .  .  .   . .   . 110   .  .   . . . .  .  . .  . . .   .  81 . .
ZYG11A       . .  . .  .  .   .   . .  .  .   . .   .   .   .  .   . 3 . .  .  . .  . . .   .   . . .
ZYG11B       . .  . .  1  .  50   . .  .  1   . . 221   7   .  .   . . . .  . 52 . 25 . .   .  15 . .
ZYX        292 3 31 . 42 11   6 783 .  1 64   . .   . 228 261 37 368 . 4 . 12 16 . 85 . .   . 135 4 .
ZZEF1       66 .  3 .  .  .  74   . .  1 95 509 .   .   .   .  .   . . . . 37  . .  . . .   .  92 . .
ZZZ3         . .  . .  .  .   .   . .  .  .   . .   .   .   .  .   . . . .  .  . .  . . .   . 335 . .
                                         
ZSWIM8-AS1   .   .  .  .   .  71 . ......
ZUFSP        .   .  .  . 538   . . ......
ZW10       145   .  .  .   .   . . ......
ZWILCH       .   .  .  .   .   . . ......
ZWINT        .   .  .  .   .   . . ......
ZXDA         .   .  .  .   . 180 . ......
ZXDB         .   .  .  .   .   . . ......
ZXDC         .   . 17  .   .   . . ......
ZYG11A       .   .  .  .   .   . . ......
ZYG11B       .   .  2  .   .   . . ......
ZYX         37 102 79 16   .   2 . ......
ZZEF1       58   .  .  .   .   . . ......
ZZZ3       186   .  .  .   .   . . ......

> ls <- GetAssayData(object = main_tiss_filtered1, slot = "counts")
> dim(ls)

[1] 26485 23514
> ls[1:4,1:4]
4 x 4 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
         A10_1001000329 A10_1001000407 A10_1001000408 A10_1001000410
A1BG                  3              .              .              .
A1BG-AS1              .              .              .              .
A1CF                  .              .              .              .
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