数据库下载SRR文件
prefetch -O output --option-file SRR_Acc_List.txt#批量下载
prefetch SRRXXXXXXXX#单独下载一个
把当前文件夹的下一级子文件夹中的sra文件移动到当前文件夹来
find . -mindepth 2 -maxdepth 2 -type f -name "*.sra" -exec mv {} . \;
这条命令的解释如下：
find .：从当前目录开始查找。
-mindepth 2：最小深度为2，意味着它将跳过当前目录（深度1）。
-maxdepth 2：最大深度也为2，这意味着它只会在当前目录的直接子目录中查找。
-type f：只查找文件。
-name "*.sra"：查找所有以.sra结尾的文件。
-exec mv {} . ;：对于找到的每个文件，执行mv命令将其移动到当前目录（.表示当前目录）
在运行此命令之前，请确保您在想要操作的目录中，并且理解这个命令会将所有找到的.sra文件移动到当前目录，这可能会覆盖任何同名的现有文件。如果您想先看看哪些文件将被移动，您可以先运行不带-exec mv {} . ;的命令，
find . -mindepth 2 -maxdepth 2 -type f -name "*.sra"
将SRA文件转化为fastq文件
fasterq-dump -S -e 10 *.sra #-S是--split-files，#-e 10开十线程，#*.sra所有sra文件 --include-technical为单细胞才加
fasterq-dump -S -e 10 SRRXXXXXXX.sra#转化单独一个文件
文件转移和处理
mv *.fastq.gz ./raw_data/ #将fastq.gz文件移动到当前目录的raw_data文件夹
rm -i *.sra #删除当前文件夹中的sra文件
将fastq文件压缩为fq.gz文件
gzip *.fastq #-k 保留原文件，-d是解压，
gzip SRRXXXXXX.fastq#压缩单独一个
ENA下载链接改名
###将wget -nc ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk改成fasp.sra.ebi.ac.uk:
sed -i 's/wget -nc ftp:\/\/ftp.sra.ebi.ac.uk/fasp.sra.ebi.ac.uk:/g' your_file.sh
Aspera高速下载（linux）
ascp -QT -l 300m -P33001 -k 1 -i ~/mambaforge-pypy3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR200/083/SRR20045883/SRR20045883_1.fastq.gz .
批量脚本
#!/bin/bash
cat fq.txt |while read id
do
ascp -QT -l 300m -P33001 -k 1 -i ~/mambaforge-pypy3/envs/kingfisher/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@$id .
done
