目的:在一页纸上画出6个不同时间段的相同比例的venn图(3组list)
摸索了半天专门的软件,都达不到各个子图等比例,最后想了一个笨方法
第一步计算:
input: otu-table.txt; group.txt
软件:R i86 4.01verson
code: 抄袭网上一个大哥的,太感谢了,非常详细易懂https://www.maimengkong.com/kyjc/585.html
image.png
output: 含有组间共有稀有otu的文件
第二步画venn图零件:
网站1.用于出来SVG格式的圈导入AI:<u>http://www.biovenn.nl/index.php</u> 可改颜色
BioVenn - a web application for the comparison and visualization of biological lists using area-proportional Venn diagrams. T. Hulsen, J. de Vlieg and W. Alkema, BMC Genomics 2008, 9 (1): 488
网站2.用于计算出各圈的比例数据,http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
Oliveros, J.C. (2007-2015) Venny. An interactive tool for comparing lists with Venn's diagrams. https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
第三步:用AI画完整图
首先根据不同venn图的OTU总数计算比例,以最大OTU总数的为100%,得到相应venn图子图,再把第二步的数据插入,最后输出。
问题:今天画的图是三个group,三个圈。实际由六个圈,但是花瓣图又突出不了两两共有的OTU数,能出来6个组的网站也有,但是标上数字特别杂乱。有待继续研究