β多样性
β多样性：指沿环境梯度不同生境群落之间物种组成的相异性，也被称为生境间的多样性（between-habitat diversity），是对不同样品的微生物群落的构成进行比较。不同群落或样本之间的物种组成相似性越低，β多样性越大。我们可以通过计算样本间距离，获得β多样性指数。
- 基于丰富度，jaccard
- 基于丰度， Bray-Curtis
- 基于进化关系，UniFrac
jaccard距离
只考虑物种丰富度差异，两个群落间各自特有的物种占总物种数的比例
Bray-Curtis距离
同时考虑丰富度和丰度信息
Cij: 表示两个样本间每一种物种的较少个体数的总和
Si和Sj: 分别表示i样本和j样本个体总数
uni-frac距离
对于系统发生树所有枝,考查其指向的叶节点是否只存于同一个群落,那些叶节点只存在于同一群落的枝的枝长和,占整个树的枝长和的比例, 定义为UniFrac距离。相当于被单个群落占据的进化历史的相对比例。
β多样性分析参考脚本
Rscript beta.R S.biom sample.txt S.beta
# beta.R
## 转换相对丰度
dat1 <- transform_sample_counts(dat, function(x){x/sum(x)})
## bray curtis距离
datDist <- phyloseq::distance(dat1, method = "bray")
datDist <- as.matrix(datDist)
write.table(datDist,
file=paste(outpre, "dist-braycurtis.table" , sep=".") ,
sep = "\t", row.names = T, quote = F)
## adonis
dat1T <- as.data.frame(t(otu_table(dat1)))
cond <- sample[rownames(dat1T),1]
adonis_out <- adonis2(dat1T ~ cond, permutations = 999, method="bray")
adonis_out <- adonis_out[1,]
输出结果
S.beta.dist-braycurtis.table 距离矩阵
S.beta.NMDS.pdf NMDS-plot
S.beta.NMDS.table NMDS表格
S.beta.PCA.pdf PCA-plot
S.beta.PCA.table PCA表格
S.beta.PCoA.pdf PCoA-plot
S.beta.PCoA.table PCoA表格
