介绍
scRNAseq R 包提供了一个方便的方式来直接获取公共的单细胞数据。获取的单细胞数据以SingleCellExperiment 对象储存。
安装
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("scRNAseq")
使用
scRNAseq 貌似就两类函数。
一类是列举出，可支持获取的数据集。
data.ls <- listDatasets()
> head(data.ls)
DataFrame with 6 rows and 5 columns
Reference Taxonomy Part Number Call
<character> <integer> <character> <integer> <character>
1 @aztekin2019identifi.. 8355 tail 13199 AztekinTailData()
2 @bach2017differentia.. 10090 mammary gland 25806 BachMammaryData()
3 @bacher2020low 9606 T cells 104417 BacherTCellData()
4 @baron2016singlecell 9606 pancreas 8569 BaronPancreasData('h..
5 @baron2016singlecell 10090 pancreas 1886 BaronPancreasData('m..
6 @bhaduri2020cell 9606 cortical organoids 242349 BhaduriOrganoidData()
Call 那一列是获取数据集的函数。
另一类就是获取数据集的函数，直接调用相应数据函数：
sce <- ZeiselBrainData()
> sce
class: SingleCellExperiment
dim: 20006 3005
metadata(0):
assays(1): counts
rownames(20006): Tspan12 Tshz1 ... mt-Rnr1 mt-Nd4l
rowData names(1): featureType
colnames(3005): 1772071015_C02 1772071017_G12 ... 1772066098_A12 1772058148_F03
colData names(10): tissue group # ... level1class level2class
reducedDimNames(0):
mainExpName: endogenous
altExpNames(2): ERCC repeat
第一次运行，会提示一下，问是否创建ExperimentHub文件夹来保存缓存数据。输入yes就好。
/home/jovyan/.cache/R/ExperimentHub
does not exist, create directory? (yes/no):
下载好的数据，以后运行就会从缓存的数据集中读取。
每个数据集的对应的访问函数的参数，并不一样，使用时，可以查一下帮助文档。
添加数据
如果，你想给包添加数据，参考Adding new data sets
参考
https://bioconductor.org/packages/3.14/data/experiment/vignettes/scRNAseq/inst/doc/scRNAseq.html
