所有的一切都是从那一天开始的。
他只擅长数学，对他来说，数学的世界就是无垠的乐园。他可以把每一个问题都当做爬山，自己永远都沉迷在寻找通往顶峰的路的趣味里。可是那一段时间，他迷失了方向，找不到出口，就如落入水中的枯叶在漩涡里打转，再也流不到远方。走不出去不可怕，可怕的是走不下去。对人生感到绝望的他拿着绳子准备自杀。此时，门铃响了，命运开始扭转方向。打开门，一对母女，她们的眼睛如此美丽，对视稍纵即逝，却足以让他感动，苏醒。自杀的念头烟消云散，他似乎找到了重获生命的喜悦，这对母女新搬来就住在隔壁，未来的生活会不会令人快乐一些。
时间流转，一切就这样再次回到正常的轨道。每一天清晨，他就回去靖子的便利店买早餐，永远是那一份“招牌套餐”。他与她的对话不过是：
——“欢迎光临！”
——“招牌套餐。”
——“欢迎下次光临！”
一到下班和周末，他就会一边听着隔壁的欢声笑语一边攀登数学的高峰，无比地安心，仿佛自己也在她们其中。不过他从未想过真的闯进她们的生活领域，他是黑暗的，孤独的，不应该拥有光明。就这样，见面点头之交，回到家中坐在书桌前能听到她们的声音就已足够幸福。有的时候，美里会吹吹双簧管，虽然小女孩曾经告诉过他，如果觉得吵就拍拍墙示意。可是他也从来没有觉得那声音吵到了他。反而，双簧管一响，他的心就更平静了，或许又想通了一道困扰已久的数学题。某一天，超市里与靖子相遇，靖子告诉他挑选橙子的方法，颜色鲜艳的，尾部有旋窝的才是甜橙子。靖子还说，每天就见他穿一套衣服。从来没有人给他说过这些，虽然他不敢正视靖子的眼睛，但是她的话却印在了心里。第二就穿了一件新的外套来到了靖子的便利店。在世界这个坐标上，他何曾想到竟有靖子和美里这两个点，对他来说她们就是罕见的奇迹。
如果不是靖子的前夫出现，日子依然会这样继续平和下去吧。可是命运怎会轻易饶过芸芸众生。当他在隔壁清清楚楚地听到靖子和美里杀人并为了自首报警而争吵的时候，他知道，这一次，该还他去敲门拯救她们了。“我只是想帮你们。要自首，我不反对，如果另有打算，光靠你们恐怕有些困难，你们是无法处理尸体的。”不知所措的靖子和美里选择了相信他。也许，从这里开始就选择错了吧，如果她们勇敢一点去自首，一切会不会又是另一个结局。
帮忙处理尸体，为母女俩制造真实的不在场证明，教她们怎么应付警察的，这一切对这个天才数学家来说没有任何问题。可是，偏偏出现了他——汤川，自己大学时的知己，与自己有着一样聪明的头脑。汤川出现的那一刻，石神心里真的有一点点恐慌了，也许从那个时候起，他就做好了最坏的打算——牺牲自己。当他为靖子谋划整个未来时，又一个男人突然出现了。在那个下雨天，他急匆匆地出门给靖子送伞，却发现有个男人送自己爱的人回来，两人眼神迷离，动作亲昵。他的生活节奏连同一颗看似波澜不惊的心彻底被打乱，这一次，他面对的不是警察，不是数学，而是情敌。
清晨，他照常去便利店买早餐，碰到了汤川，碰到了那个男人，听着他约靖子一起吃晚餐，汤川从对面的镜子中发现了异常。吃醋的眼神，躲避的身体，不安的表情，镜子里的石神所有的肢体出卖了他最真实的心灵，那种对爱的渴望比普通人更加强烈。汤川也开始疑惑不安了。
登山的那一刻，他想杀了他吧，之前在汤川实验室里的对峙就让他意识到自己的朋友快要触碰到他精心布置的真相了。如果不是他，靖子和美里可以按照他设计好的路线向前，而自己也能继续默默地陪伴着她们。他从不愿给别人带来麻烦，只能放过汤川，把自己推进地狱。汤川说山上的风景真美，他告诉他，到了冬天再来看看，肯定又是另外的一番风景，他想自己再也看不到了。也许他真的该想想怎么样放弃了。一下山回家，他就开始实施自己最后的计划。跟踪靖子，拍下他们两个人共进晚餐的照片。一次又一次地看到他的她与他在一起，他们欢乐多久，他就跟着一起熬了多久。雇人威胁并殴打这个什么都不知情的男人。还写信恐吓靖子说她严重的背叛了自己，让所有人都把他看成是变态跟踪狂。他做到了，连银幕外的人都嘲笑着他的变态，可是我知道，这一切都是他最深沉的放弃，感情是他唯一的弱点。
当给靖子寄出最后的两封信，交代好一切事宜，他偷走了汤川实验室的物理声波仪，并引导警察推测出他想伤害美里。然后警车呼啸出动，所有人都以为他会伤害整车的孩子，电影院的人骂他太疯狂。只有我知道，他，不会，绝对不会。之后马路上追逐汤川，谋害汤川只是他甘愿自首的一种形式，独自承担起所有的误解，包括靖子的。
他赢了，警察抓到了他，他也跟着自己的设计坦白一切。躺在监狱里，他看着天花板继续研究着自己的数学，不再为靖子和美里担心，案件一定会尘埃落定，没有人会想到他所有的设计，杀害一个流浪者顶替靖子的前夫，两个人只差一天的死亡却让整个案件乾坤颠倒。他用自己默默无闻的牺牲换取另外两个人的平静生活，内心因满足而重归平静。
而另一边，汤川知道一切并没有结束。他咀嚼着石神“看起来是几何问题其实是函数问题”的这句话，一瞬间，似乎想到了什么，时间凝固，他在记忆的缝隙中看到了真相。所有的疑惑全部揭开。有的人之所以痛苦，是因为他比别人看得更真。石神是他的知己，做出这样的牺牲，他太明白靖子和美里对朋友的重要性了。可是，无论石神是多么不愿意靖子知道真相，他又怎能忍心隐瞒所有的一切，埋葬石神全部的真心。爱的力量真的如此强大吗？如果揭开只能带来更多的痛苦，那又该如何抉择？因为不甘心，因为遗憾，也因为震撼，汤川最终选择了告诉靖子真相，无论靖子做出怎样的抉择，最起码她知道了，曾经有一个人为了爱她赌掉了整个人生。
不悔此生种深情，甘愿孤旅自飘零。为了靖子的幸福，谁也无法想象他为了保护她们到底做了什么。到底是怎样的深情才能让他再杀一个无辜的人来掩盖最爱的人的罪行。他想要最爱的人一生平静，毫不知情地幸福生活下去。有的时候一个人只要好好活着就足矣拯救某人，就如那天一样，她救了他。她们对真相一无所知，可那就是最好的。这不是顶罪而是报恩，上一次靖子救了他的命，这一次，换他送给她幸福。最后一封信，终于说出了最深沉的愿望：
工藤邦明是个诚实可靠的人。和他结婚，你和美里获得幸福的几率较高。把我完全忘记，不要有任何负罪感。如果你过得不幸福，我所做的一切才是徒劳。
故事的的最后，她爱的人忍受不了灵魂的自责来到警局自首。她从未遇见过这样的深情，甚至，她根本不相信这个世上有这种深情。石神面无表情的背后，竟藏着常人难以理解的爱。当他们在警局的走廊上相逢，石神崩溃，明明已经为自己爱的人铺好了未来的路，为什么靖子要毁灭掉，不给他一点点甘愿为爱牺牲的希望，为什么？一场精心设计的悲伤告白，终究无望落幕。
电影一点也不搞笑，不懂的人却觉得笑料百出。我怀着沉重的心情来到电影院，坐在这里，等待着电影结束，等待着他的真心曝露在阳光之下，然后被宣判，平静地走向死亡，耳中却听到周围人肆无忌惮地调侃着嘲笑着这样的他，如此刺耳。在这里，从始至终，仿佛就只有我一个人为他震撼，为他惋惜，为他疼痛。
